شناسایی و ردیابی Phytophthora erythroseptica و دورگ های آن با استفاده از آغازگرهای اختصاصی

گونه یPhytophthora erythroseptica ، عامل پوسیدگی صورتی سیب زمینی، یکی از اامیست های بیماری زای گیاهی است که خسارت اقتصادی قابل توجهی را در مزرعه و انبار وارد می کند. به منظور شناسایی و ردیابی دقیق و حساس P. erythroseptica ، شش توالی هسته ای و میتوکندریایی برای طراحی آغازگرهای اختصاصی مورد بررسی قرار گرفت. به دلیل شباهت زیاد توالی های P. erythroseptica به خویشاوندان نزدیکش، تنها یک توالی هسته ای (TigA) برای طراحی آغازگرهای اختصاصی مناسب تشخیص داده شد. با استفاده از آغازگرهای اختصاصی طراحی شده، شیوه ای از واکنش زنجیره ای ساده و تودرتو برای شناسایی و ردیابی P. erythroseptica ابداع شد. اختصاصیت آغازگرهای طراحی شده با استفاده از مجموعه ای از گونه های فیتوفتورا متعلق به تبارهای فیلوژنتیکی مختلف و نیز خویشاوندان نزدیک P. erythroseptica ارزیابی شد. ردیابی P. erythroseptica در دی ان ای خالص بیمارگر و دی ان ای استخراج شده از بافت های گیاهی آلوده شامل سیب زمینی، گوجه فرنگی و اسفناج با استفاده از آغازگرها با موفقیت انجام شد. آغازگرهای اختصاصی10 پیکوگرم از دی ان ای خالص P. erythroseptica را در واکنش زنجیره ای پلیمراز ساده ردیابی کردند، با این حال واکنش زنجیره ای پلیمراز تودرتو، حساسیت آغازگرها را حداقل صد برابر افزایش داد. همچنین، آغازگرهای اختصاصی قادر به ردیابی P. erythroseptica به عنوان والد پدری یا مادری در جدایه های دورگ بودند؛ این ویژگی به شناسایی یکی از والدین در دورگ های P. erythroseptica کمک شایانی می کند