بررسی بیوانفورماتیکی انتقال افقی ژنهای دخیل در مقاومت آنتی بیوتیکی در باکتری Escherichia coli

coli Escherichia یک باکتری گرم منفی، دومین باکتری از نظر فراوانی در روده و شایع ترین عامل عفونت ادراری و از عوامل اصلی مسمومیت غذایی و اسهال است. همچنین به عنوان شاخص اصلی آلودگی آب شهری اهمیت ویژهای دارد. مقاومت دارویی این باکتری به آنتیبیوتیک ها به عنوان یک چالش جهانی مطرح میشود. به فرآیند انتقال ماده ژنتیکی در مسیری غیر از انتقال ژنها به صورت رابطه والد- فرزندی انتقال افقی ژن (HGT (گفته میشود. این فرآیند میتواند روی عملکرد ژنها از جمله ژنهای ایجادکننده مقاومت به آنتیبیوتیک ها تغییر ایجاد کند. ایجاد مقاومت در باکتری coli. E میتواند از طریق ژنهای متحرک به گونه های دیگر باکتریها هم انتقال پیدا کند. امروزه از ابزارهای بیوانفورماتیکی برای فهم و ردیابی ژنهای انتقال یافته با مکانیزم انتقال افقی استفاده میشود. در این مطالعه با استفاده از ابزارهای بیوانفورماتیکی مانند PredictBias، Alien‐ و PAI‐IDA ،Mobil Genetic Elements (MGEs) ،ACLAME Hunter به بررسی برخی ژنهای دخیل در مقاومت به آنتیبیوتیک در باکتری coli. E پرداخته شد. نتایج بررسیهای بیوانفورماتیکی و روش MIC انتقال افقی ژنهای مقاومت را نشان داد. 26 ژن از 32 ژن در کلیه نرمافزارها انتقال را نشان دادند. بیشتر ژنهای شناساییشده دارای درصد بازهای GC بالای 50 %بودند. ژنهایی مانند P put با 178 توالی، blaCMY با حدود62 توالی، BlaTEM با 43 توالی و 6‐aac با 66 توالی در سایتهای PredictBias و ACLAME به دست آمدند. mobC ،mobA و mobB و خانواده ژنی rep بیشترین احتمال انتقال افقی را بین سویه های بیماری زا نشان دادند. بیشترین مقاومت در تست های آزمایشگاهی را ژنهای blaSHV و blaCHV روی پلاسمید blaCMY نشان دادند.