تهیه نقشه ژنتیکی اشباع جمعیت لاین های اینبرد نوترکیب گندم نان بهاره با استفاده از روش ارزیابی ژنوتیپی با توالی یابی (Genotyping by Sequencing)

نقشه های ژنتیکی اشباع لازمه مکان یابی دقیق مکان های ژنی کنترل کننده صفات کمی می باشند. در این مطالعه، نقشه ژنتیکی اشباع جمعیت لاین های اینبرد نوترکیب گندم نان بهاره حاصل از تلاقی رقم Yecora Rojo و ژنوتیپ بومی No. 49 با استفاده از روش ارزیابی ژنوتیپی با توالی یابی (GBS) تهیه شد. برای شناسایی چندشکلی های تک نوکلیوتیدی (SNPs)، توالی یابی والدین و لاین های اینبرد نوترکیب به صورت تکرار دار در سه لاین دستگاه ایلومینا Illumina Hiseq 2500 انجام شد. در مجموع، بیش از 36 هزار SNP شناسایی شد که 804 SNP به هیچ گروه کروموزومی منتسب نشد. از این تعداد SNP، 3042 به زیرژنوم A، 3977 به زیرژنوم B و 769 SNP به زیرژنوم D تعلق داشتند. پس از حذف SNPهایی با داده گمشده بیش از 20 درصد، فراوانی آلل نادر کمتر از 5 درصد و نیز دارای انحراف تفرق از نسبت مندلی 1:1، تعداد 5831 نشانگر SNP شناسایی و به 21 کروموزوم گندم منتسب شد. این نشانگرها، 14/3642 سانتی مورگان از ژنوم گندم را با متوسط فاصله 62/0 سانتی مورگان بین دو نشانگر مجاور پوشش دادند.