مشخصات مولکولی واریانت های ویروئید موزاییک نهان هلو جدا شده از باغات هسته دار استان کردستان، ایران

به منظور بررسی حضور و تعیین مشخصات مولکولی PLMVd در غرب ایران (استان کردستان)، طی بهار و تابستان 1394 و 1396 تعداد 132 نمونه برگی از هلو، آلو، زردآلو، شلیل، گیلاس، بادام و آلبالو از باغات استان جمع آوری شد. استخراج اسید نوکلییک کل با استفاده از روش سیلیکا و سنتز cDNA با استفاده از آغازگرهای تصادفی شش تایی انجام شد. PCR با استفاده از آغازگرهای اختصاصی این ویرویید منجر به تکثیر قطعه مورد انتظار حدود350 جفت باز در 36 نمونه شد. به منظور بررسی صحت قطعات تکثیر یافته و تعیین مشخصات مولکولی آن ها، فرآورده 17 نمونه/درخت پس از اتصال به پلاسمید pTG19-T و همسانه سازی در باکتری E. coli DH5α تعیین توالی شدند. توالی های به دست آمده PLMVd در بانک ژن و هم ردیف سازی این توالی ها با سایر توالی های این ویرویید نشان داد که 3/94-100% تشابه بین جدایه های این تحقیق و 2/79-100% با سایر جدایه های گزارش شده شباهت نوکلیوتیدی وجود دارد. در بررسی تبارزایی، جدایه های حاصل از این تحقیق با 32 جدایه منتشر شده قبلی در دو گروه تبارزایی قرار گرفتند که جدایه های این تحقیق در گروه دوم (جدایه های ایجاد کننده موزاییک) با جدایه های از هند، چین، اسپانیا، تونس، استرالیا و ایران هم گروه شدند. همچنین ارتباطی بین منشا جدایه ها و میزان شباهت نوکلیوتیدی آن ها به دست نیامد. ساختار ثانویه ترسیم شده برای برخی جدایه های این تحقیق حاکی از ساختارهای جدید در این جدایه ها بود. بنابر اطلاعات موجود این اولین گزارش از ردیابی PLMVd از میزبان های هلو، شلیل، گیلاس، آلو، زردآلو، بادام و آلبالو از استان کردستان و از میزبان های زردآلو، گیلاس، بادام و آلبالو از ایران می باشد.