مسیرهای بیولوژیکی مرتبط با lncRNAهای شناخته شده بین ژنی در بافت شکمبه گوساله های مبتلاء به اسیدوز

هدف این پژوهش شناسایی lncRNAهای دخیل در کنترل فعالیت مسیرهای بیولوژیکی موثر در بروز اسیدوز بود. بدین منظور دو گروه گوساله شامل گروه شاهد (3 گوساله نر سالم) و گروه بیمار (3 گوساله نر مبتلاء به اسیدوز) به صورت مقایسه ای مورد مطالعه قرار گرفتند. توالی یابی جفتی با استفاده از پلاتفرم illumine Hiseq2500 انجام شد. از نرم افزار Hisat2 برای هم ترازی خوانش ها با ژنوم مرجع گاو و بسته نرم افزاری StringTie جهت سرهم بندی رونوشت ها استفاده شد. با استفاده از توالی یابی نسل بعد، 1636 ژن متعلق به lncRNAهای شناخته شده بین ژنی شناسایی شد که تغییرات بیان 56 ژن معنی دار بود (05/0P≤). ژن های هم جوار lncRNAهای شناخته شده بین ژنی روی ژنوم گاو هلشتاین تعیین شدند. نتایج نشان داد با سطح احتمال05/0 P≤، پنج مسیر بیولوژیکی Apelin signaling pathway, Gap junction, Glucagon signaling pathway, Renin secretion, AGE-RAGE signaling pathway in diabetic complications غنی می شوند. آنالیز عملکرد مولکولی این ژن ها نشان داد دو عملکرد مولکولی شامل gap junction channel activity و phosphatidylinositol phospholipase C activity به طور معنی دار غنی می شوند. برخی lncRNAها در نمونه های سالم و اسیدوزی بیان متفاوتی داشتند و کاهش pH به عنوان محرکی برای فعال شدن برخی مسیرهای بیولوژیکی ترارسانی پیام عمل کرد. براساس نتایج حاصل، lncRNAهایی که تفاوت بیان معنی دار در گروه کنترل و اسیدوز دارند با مسیرهای مرتبط با سوخت و ساز انرژی شکمبه و ترارسانی پیام همراه می باشند. از lncRNAها می توان به عنوان عامل پیش آگاهی دهنده اسیدوز و بیومارکر در اصلاح دام استفاده نمود.