بررسی بیوانفورماتیکی توالی ژن اینتگراز ویروس های HIV-1 در بیماران ایرانی

مهارکننده های متعددی برای مهار ویروس HIV-1 معرفی شده اند ولی به علت وجود نمونه های مقاوم به درمان اکثر این تلاش ها بی نتیجه مانده است. هدف از مطالعه حاضر نیز بررسی موتاسیون های مقاومت به درمان در ژن اینتگراز ویروس ایدز و تاثیر این موتاسیون ها بر ساختار، عملکرد و ویژگی های فیزیکی و شیمیایی این آنزیم با استفاده از نرم افزارهای بیوانفورماتیکی بود.

مواد و روش ها:

 36 توالی مربوط به ژن اینتگراز ویروس HIV-1 در بیماران ایرانی، از بانک ژنی NCBI دریافت شد و پس از تعیین موتاسیون ها در مقایسه با توالی مرجع، تغییرات پس ترجمه ای و خواص فیزیکی و شیمیایی آن مشخص شد. ساب تایپ توالی ها و همچنین ساختار دوم و سوم و برهم کنش های ممکن این آنزیم با مهارکننده های اصلی اینتگراز بررسی شد.

یافته ها: 

بررسی توالی های انتخاب شده نشان دهنده موتاسیون های متعددی در این پروتئین بود. ساب تایپ غالب نمونه های مورد بررسی A1 بود و نتایج برهم کنش ها نشان داد موتاسیون های موجود در نمونه ها هیچ گونه تاثیر معنی داری بر برهم کنش مهارکننده ها با آنزیم اینتگراز ندارند.

نتیجه گیری: 

دمین کاتالیتیک آنزیم اینتگراز محل اتصال اغلب مهارکننده های این آنزیم است که اغلب موتاسیون ها در ناحیه ای خارج از این دمین قرار گرفته اند و این موضوع می تواند دلیل اصلی عدم تاثیر این موتاسیون ها بر برهم کنش مهارکننده ها و آنزیم اینتگراز باشد. به صورت کلی یافته های این مطالعه نشان می دهد که مهارکننده های اینتگراز می توانند به عنوان روش موثری به منظور مهار این بیماری برای بیماران ایرانی استفاده شوند.