کاوش پاسخ های دفاعی گیاه به بیمارگرها به کمک فناوری RNA-seq

گیاهان برخلاف جانوران، سلول های دفاعی متحرک نداشته و سیستم دفاعی آنها به طور طبیعی قابلیت توسعه و سازگاری در برابر بیمارگرها را ندارد. سیستم ایمنی ذاتی گیاهان بسیار پیچیده و در دو لایه مهم سازمان یافته و به سیستم پیام رسانی گسترده وابسته است. هر لایه از این سیستم از اجزاء متعددی تشکیل شده که هر یک در زمان مناسب وارد عمل می شوند. سدهای دفاعی شیمیایی و فیزیکی که از ورود بیمارگر و بروز آلودگی جلوگیری می کنند، انفجار اکسیژنی، بیان پروتئین های مرتبط با بیماریزایی و مرگ سلولی برنامه ریزی شده، همه بخش هایی از این سیستم پیچیده هستند. یکی از بهترین راه های مطالعه پاسخ های دفاعی گیاه به بیمارگر مطالعه الگوی تغییرات بیان ژن در گیاه بیمار نسبت به گیاه سالم در سطح ترانسکریپتوم است. با توالی یابی مولکول های mRNA در سلول و شناسایی ژن های مربوط به این مولکول ها می توان به الگوی تغییرات بیان ژن ها و میزان این تغییرات پس از بروز بیماری پی برد. فناوری پربرونداد (High-Through put Technologies) RNA-seq با بهره گیری از توانمندی های توالی یابی نسل دوم، امکان شناسایی و کمی سازی صدها ژن را در ترانسکریپتوم فراهم می کند. این فناوری امروزه به عنوان یکی از بهترین ابزارهای مطالعه ترانسکریپتوم برهمکنشی میزبان-بیمارگر و شناسایی ژن های درگیر در پاسخ های دفاعی گیاهان شناخته می شود.