بررسی شبکه پروتئین های موثر در سرطان های مری، معده و روده و تعیین پروتئین های مشترک کلیدی به روش In silico

شیوع سرطان های مربوط به گوارش، بخصوص معده و روده رو به افزایش است. ازطرفی سرطان معده شایع ترین سرطان دستگاه گوارش در ایران بوده و سن ابتلا به سرطان مری و روده در ایران کاهش یافته است. درنتیجه بررسی عوامل و پروتئین های دخیل در این سرطان ها بسیار حایز اهمیت است.

در این پژوهش به منظور بررسی شبکه های میانکنشی پروتئین های دخیل در سرطان های مری، معده و روده از تحقیقات قبلی، با رویکرد کمی استفاده شده است. ابتدا پروتئین های شناسایی شده سرطان های مری، معده و روده از پایگاه های داده مربوطه و مقالات استخراج شد، سپس ترسیم و تحلیل تقاطع و تعیین پروتئین های کلیدی در شبکه میانکنشی پروتئین ها  با استفاده از سرورها و نرم افزارهای STRING 11.0, Cytoscape 3.7.3, NDEx 2.4.3, UniProt   انجام شد. از افزونه CentiScaPe 2.2  و CytoHubba با بررسی شاخص های مرکزیت مختلف برای تعیین گره های کلیدی و پروتئین های مشترک مرکزی استفاده شد. درنهایت پس از بررسی پروفایل بیانی پروتئین های با شاخص های مرکزیت بالادر Expression Atlas, GEPIA2, GTEx v8 ، پروتئین های مشترک در هر سه سرطان تعیین شدند.

نتایج نشان داد پروتئین های PLK1, CCNB1, CCNA2, BUB1B, CDK1  به عنوان مشترک مرکزی در هر سه بافت هستند. این پروتئین ها ضمن داشتن همبستگی بالا (R=>0/8) با یکدیگر، دارای تفاوت بیان معنی دار در بافت های نرمال و سرطانی هستند.  

پروتئین هایPLK1, CCNB1, CCNA2, BUB1B, CDK1  می توانند به عنوان مارکر تشخیصی و درمانی سرطان های مری، معده و روده استفاده شوند. ادامه مطالعات بر روی این پروتئین ها آینده روشنی را برای یافتن درمان انواع مختلف سرطان دستگاه گوارش در پی دارد.