تعیین اولین ترادف نزدیک به کامل ژنوم ویروس کوتولگی زرد پیاز (Onion yellow dwarf virus) در میزبان سیر از ایران

در این مطالعه توالی ژنومی نزدیک به کامل ویروس کوتولگی زرد پیاز (Onion yellow dwarf virus-OYDV) جدا شده از سیر (Allium sativum L.) برای اولین بار از ایران با استفاده از تکنولوژی توالی یابی نسل جدید (Next Generation Sequencing-NGS) تعیین شده است. طول کامل توالی کدکننده این جدایه ایرانی ویروس کوتولگی زرد پیاز (IR-Kh2/ MN528769)، 10212 نوکلیوتید بود که پلی پروتیینی با 3403 آمینواسید را رمزگذاری می کند. مقایسه توالی جدایه ایرانی با سایر جدایه های OYDV ثبت شده در بانک ژن نشان دهنده شباهت 39/97- 84/74 و 98-67/75 در سطح نوکلیوتیدی و آمینواسیدی بود. با توجه به نتایج آنالیز فیلوژنی بر اساس توالی کدکننده ژنومی، جدایه های OYDV در دو گروه مجزا قرار گرفته و جدایه ایرانی به همراه جدایه هایی از استرالیا (HQ258895)، اسپانیا (JX429964)، چین (MN059603 and MN059578) و هند (KJ451436) در گروه A و در زیر گروه III قرار گرفت. بعلاوه وقوع یک نوترکیبی احتمالی در ژنوم جدایه ایرانی در ناحیه ژنی اینکلوژن بادی هسته ای (Nuclear inclusion body-NIb) ردیابی شد.