تنوع نوکلئوتیدی و ساختارهای ثانویه در ITS2 برای مطالعات فیلوژنی گونه های گندم

این تحقیق با هدف تخمین چندشکلی نوکلیوتیدی و جهش نقطه‌ای یا جایگزینی‌ها در ناحیه ITS2 12 گونه مختلف Triticum و Aegilops و نشان دادن روابط فیلوژنتیکی آن‌ها انجام شد. داده‌های هم‌تراز شده ITS2 در مجموع 67 جایگاه SNP و نیز غالب بودن جایگزینی ترانزیشن (75٪) بر ترانسورژن (25٪) را نشان داد. جایگزینی ترانزیشن C/T  در گونه‌های مورد مطالعه، در بالاترین سطح مشاهده شد. بالاترین جایگزینی نوکلیوتیدی در توالی‌های ITS2  گونه‌های T. aestivum، T. turgidum  و A. speltoides رخ داد که جایگزینی‌های مشابهی را در جایگاه‌های بازی 76، 193، 215، 230 و 241 نشان دادند (تغییر TCCAG به ATTTA). T. boeticum و T. urartu جایگزین‌های مشابهی را در جایگاه‌های بازی 85، 201، 231، 234 و 252 نشان دادند (تغییر GTGCC به AGATA). نکته قابل توجه این که جایگاه بازی 146 در تمام گونه‌های Triticum باز سیتوزین (C) بود، اما در همه گونه‌های Aegilops  باز تیمین (T) بود. میزان جایگزینی در A. neglecta و A. umbellulata صفر بود و نتیجه‌گیری شد که آن‌ها ITS2 محافظت شده‌تری دارند. ساختار ثانویه ITS2 ، در گونه‌های مورد مطالعه مشابه سایر گیاهان گلدار با چهار مارپیچ با تنوع در طول مارپیچ بود. مارپیچ III در مقایسه با سایر مارپیچ‌ها طولانی‌ترین طول را داشت. دامنه طول مارپیچ‌های  I، II،  IV  به ترتیب از 9 (T. turgidum  و T. urartu) تا 10، از 11 (A. cylindrica) تا 13 و 6 (A. speltoides) تا 10 (T. boeticum) جفت باز متغیر بود. با استفاده از مقایسات نوکلیوتید دوتایی ITS2، قرابت و خویشاوندی A. caudata با  A. cylindrica، T. boeticum  با  T. urartu،  A. neglecta با A. umbellulata مشاهده شد. درخت‌های فیلوژنی، 12 گونه را به چهار شاخه اصلی طبقه‌بندی کردند. بیشترین جهش نقطه‌ای در توالی‌های ITS2 مربوط به گونه‌های گروه‌بندی شده در شاخه اول رخ داده بود.