شناسایی و بررسی خصوصیات برخی اعضای خانواده ژنی اسنکین در گیاه پیاز (Alliumcepa L.)

پپتیدهای ضد میکروبی یکی از مهم ترین سدهای دفاعی گیاهان در مقابل طیف وسیعی از پاتوژن ها به شمار می روند. در این بین، اسنیکین ها توجه ویژه ای را به خود جلب می کنند، زیرا یکی از مهم ترین پپتیدهای غنی از سیستیین در میان پپتیدهای ضد میکروبی گیاهی هستند. در مطالعه حاضر، برخی از اعضای خانواده ژنی اسنیکین در گیاه پیاز از طریق روش های بیوانفورماتیکی و آزمایشگاهی شناسایی و تعیین خصوصیت شدند. بدین منظور تمام توالی های پروتیینی اسنیکین های گیاهی از پایگاه NCBI دریافت شدند. توالی مورد توافق اسنکین با هم ترازی چندگانه توالی های دریافت شده ایجاد شد. سپس توالی مورد توافق اسنکین با استفاده از ابزار tBLASTn در برابر ترنسکریپتوم گیاه پیاز هم ترازی موضعی شد. توالی های حاصل از tBLASTn، سرهم بندی شده و برای تعیین چارچوب خوانش باز کامل و پیش بینی دمین های عملکردی، سیگنال پپتید، محل تجمع سلولی، خصوصیات فیزیکوشیمیایی، فراوانی اسیدهای آمینه و فعالیت ضد میکروبی مورد بررسی قرار گرفتند. با استفاده از واکنش PCR توالی کد کننده کامل اسنیکین ها تکثیر شد. در نهایت، وجود هفت ژن اسنیکین با چارچوب های خوانش باز با طول متوسط 323 جفت باز در گیاه پیاز تایید شد. تجزیه و تحلیل های بیوانفورماتیکی، شباهت بالای ژن های اسنیکین پیاز با همولوگ های اسنیکن در سایر گونه های گیاهی، از نظر توالی نوکلیوتیدی و پروتیینی و همچنین خصوصیات ساختاری را نشان داد. نتایج همچنین نشان داد که تمامی اسنیکین های شناسایی شده در گیاه پیاز دارای خاصیت ضد میکروبی بالقوه بودند. با توجه به اثرات ضد میکروبی بالقوه در پپتیدهای شناسایی شده، می توان با تولید این پپتیدها در سیستم های بیانی مختلف از آن ها به عنوان عوامل ضد میکروبی جدید در مقابله با پاتوژن های انسانی، دامی و گیاهی استفاده کرد.