بررسی سه روش پویش کل ژنوم در شناسایی جایگاه های ژنی با بکارگیری داده شبیه سازی شده

شناسایی متغیرهای موثر بر صفات کمی در اصلاح نژاد دام اهمیت بالایی دارد.

در این پژوهش توانایی سه روش مطالعه پویش کل ژنوم بر اساس تک- چند شکلی تک نوکلیوتیدی یا SSGWAS، مکان یابی وراثت پذیری ناحیه ای (RHM) و آزمون پویش سریع مبتنی بر سطح بندی (fastBAT) برای شناسایی متغیرهای ژنتیکی موثر بر صفات کمی، مورد بررسی قرار گرفته است.

یک جمعیت گاوی با اندازه 4040 راس دام شبیه سازی شد. برای این جمعیت 3 جفت کروموزم غیر جنسی با تعداد 27586 چند شکلی تک نوکلیوتیدی برای هر کروموزم در نظر گرفته شد. شبیه سازی در قالب 3 سناریو با تعداد 75، 150 و 300 جایگاه صفت کمی و با در نظر گرفتن 10 تکرار برای هر سناریو انجام شد. در بررسی متغیرها ماتریس های روابط کل ژنوم و روابط ژنتیکی مبتنی بر شجره در مدل مورد استفاده قرار گرفت. برای مقایسه توانایی روش ها در شناسایی QTL ها از معیار تعداد SNP های معنی دار در مجاورت با QTL ها استفاده گردید.

از مجموع 30 تکرار شبیه سازی شده، در روش SSGWAS تعداد 16 QTL شناسایی شد که 2 QTL دارای فراوانی آلل نادر یا MAF کوچکتر یا مساوی 1/0 بوده و سایر QTL ها با MAF بالاتر از 1/0 شناسایی شدند. در روش fastBAT 107 ناحیه معنی دار شناسایی شد که همه این نواحی حاوی QTL شبیه سازی شده بود. در این روش تعداد 120 QTL در 3 سناریو شناسایی شد که تعداد 52 QTL با MAF کوچکتر یا مساوی 1/0 شناسایی شدند. همه QTL های شناسایی شده در دو روش fastBAT و SSGWAS در روش RHM نیز شناسایی شد. در RHM تعداد 612 ناحیه معنی دار شناسایی شد که همه این نواحی حاوی QTL شبیه سازی شده بودند. در این روش تعداد 316 QTL با MAF کوچکتر یا مساوی 1/0 شناسایی شد.

نتایج این بررسی نشان می دهد که روش RHM قابلیت بالاتری نسبت به دو روش دیگر در شناسایی QTL های موثر بر واریانس صفت کمی دارد.