بررسی و مقایسه اثر پرایمر در ارزیابی ساختار جوامع باکتریایی خاک مناطق نیمه خشک با روش Illumina Miseq

هدف از این مطالعه بررسی تاثیر نوع پرایمر در ارزیابی ساختار جمعیت میکروبی در یک اکوسیستم نیمه خشک بوده است. DNA نمونه های خاک پس از استخراج و انجام PCR با دو جفت پرایمر مربوط به نواحی V1-V3 و V4-V5 توالی یابی و داده ها با نرم افزار QIME آنالیز شدند. نتایج آنالیزNGS نشان داد پرایمر V4-V5 توانست 9/97 درصد از باکتری ها را شناسایی کند در حالیکه 4/90 درصد از باکتری ها توسط جفت پرایمر V1-V3 شناسایی شدند. جفت پرایمر V1-V3 توانست درصد بالاتری از Proteobacteria (8/37درصد) را شناسایی کند در صورتی که جفت پرایمر V4-V5 در شناسایی Actinobacteria (6/33 درصد) عملکرد بهتری داشت. بعلاوه جفت پرایمر V4-V5 تعداد بیشتری در سطوح تاکسونومیکی راسته، خانواده و جنس را در نمونه های خاک مطالعه شده در مقایسه با جفت پرایمر V1-V3 شناسایی کرد. با وجود عملکرد بهتر پرایمر V4-V5 و با توجه به اینکه برخی از اجزای سطوح مختلف تاکسونومیکی توسط یکی از جفت پرایمرهای مورد استفاده شناسایی شدند به نظر می رسد بهتر است به منظور ارزیابی دقیق تر جمعیت های میکروبی از حداقل دو سری پرایمر استفاده شود.