شناسایی نشانگرهای مولکولی ریزماهواره در مقیاس گسترده در مرزه خوزستانی و مرزه رشینگری

مرزه از خانواده Lamiaceae، گیاهی دارویی است که به طور گسترده در مناطق جنوبی ایران می روید. گونه های مختلف این گیاه، دارای خواص دارویی زیادی مانند خاصیت آنتی اکسیدانی و کاربردهای پزشکی می باشند. فقدان نشانگرها و به ویژه نشانگر ریزماهواره، تحقیقات ژنتیکی در این گیاه را بسیار محدود کرده است. لذا در این مطالعه، به ترتیب 271907 و 225534 رونوشت با میانگین طول 1079 و 1018 باز و مقدار N50 برابر 1802 و 1740 برای مرزه خوزستانی و رشینگری به دست آمد. از فرآیند سرهم بندی خوانش های کوتاه حاصل از توالی یابی ترانسکریپتوم گیاه مرزه خوزستانی و مرزه رشینگری به منظور شناسایی نشانگرهای ریزماهواره استفاده شد. در مطالعه حاضر، 44624 و 34546 مکان ریزماهواره به ترتیب در گونه مرزه خوزستانی و مرزه رشینگری شناسایی شد. در میان این نشانگرها، موتیف های دو نوکلیوتیدی و پس از آن تک و سه نوکلیوتیدی بالاترین فراوانی را نشان دادند. نتایج بلاست رونوشت های حاوی ریزماهواره نشان داد که در گونه های مرزه خوزستانی و مرزه رشینگری به ترتیب 27/72 و 32/75 درصد از رونوشت ها دارای حداقل یک رکورد در پایگاه پروتیین های غیر تکراری بودند. تفسیر کارکردی از طریق جستجوی همسانی و هستی شناسی ژن ها (GO) انجام شد. در مجموع، 14792 (4/33 درصد) رونوشت حاوی نشانگر SSR در مرزه خوزستانی و 12480 (12/36 درصد) رونوشت حاوی نشانگر SSR در مرزه رشینگری به سه گروه GO طبقه بندی شدند. تجزیه و تحلیل هستی شناسی ژن گزارش داد که اکثر رونوشت های سرهم بندی شده به گروه عملکرد مولکولی (MF) مرتبط هستند. 45 درصد از کل رونوشت های حاوی ریزماهواره به 401 مسیر اختصاص داده شدند، که در آن ها بیوسنتز متابولیت های ثانویه پس از مسیرهای متابولیتی دومین مسیر با حدکثر تعداد عضو شناسایی شد. نشانگرهای ریزماهواره شناسایی شده از ترانسکریپتوم مرزه برای اولین بار در دنیا گزارش می شوند و می توانند منبع موثری برای برنامه های اصلاح این گیاه دارویی باشد.