آنالیز جهش های بدمعنی ژن CX3CR1 در بیماران سقط مکرر با استفاده از ابزارهای بیوانفورماتیکی

سقط عارضه شایعی است که به پایان زودرس بارداری، با مرگ جنین پیش از هفته 20 بارداری اطلاق می شود. بررسی ها نشان می دهند که ژن های فراوانی در بروز این اختلال دخالت دارند. ژن CX3CR1 یکی از این ژن های پاسخ التهابی در دستگاه ایمنی است. در این مطالعه، با به کارگیری روش های مختلف آنالیز بیوانفورماتیکی، به اثبات بیماری زایی واریانت های rs3732378 و rs3732379 پرداخته شد.

در این مطالعه، از ابزارهای بیوانفورماتیکی برای پیش بینی اثر جهش های rs3732378 و rs3732379 شامل SIFT، PolyPhen 2، PROVEAN، Predict SNP و Exome Variant Server استفاده گردید. تغییرات پایداری پروتیین جهش یافته با ابزارهای I-Mutant و DynaMut بررسی شد؛ همچنین مدل سازی، بررسی ساختار پروتیین، داکینگ و برهم کنش پروتیین-لیگاند به ترتیب با استفاده از ابزارهای SWISS-MODEL، SwissDock و FRODOCK، نرم افزار PyMOL، Hawkdock و نرم افزار MolSoft انجام گرفت.

یافته ها:

 پلی مورفیسم های بسیار فراوانی در ارتباط با ژن CX3CR1 شناخته شده اند. از میان پلی مورفیسم های گزارش شده، تعداد 244 پلی مورفیسم مربوط به جهش بدمعنی در بانک اطلاعاتی dbSNP گزارش شده بود که از این تعداد، 2 جهش بدمعنی rs3732378 (g.39307162 G>A و p.Thr280Met) و rs3732379 (g.39307256 C>T و p.Val249Ile) مربوط به بیماری سقط مکرر بود و بررسی گردید. نتایج به دست آمده از نرم افزارهای بیوانفورماتیکی نشان داد که احتمالا هر دو واریانت به عنوان جهش بیماری زا پیش بینی شده و باعث تغییر پایداری ساختار پروتیین گردیده اند و در میان کنش با لیگاند تاثیرگذارند.

بحث و نتیجه گیری:

 یافته های این مطالعه نشان می دهد که این دو جهش بدمعنی ژن CX3CR1، به عنوان کاندید مهمی برای بیماری زایی سقط مکرر عمل می کنند و شناسایی آن ها در بیماران مبتلا به سقط مکرر می تواند به عنوان یک عامل خطر در نظر گرفته شود.