تکثیر غیراختصاصی بتاستالیت ها؛ مطالعه درون رایانه ای در خصوص برهمکنش بین توالی شبه ایترون بتاستالیت با پروتئی ن همراه با همانندسازی جمینی ویروس های کمکی

تاستالیت ها مولکولهای دی ان ای تک الی حلقوی مرتبط با اعضای جنس بگوموویروس تیره Geminiviridae هستند. بر خالف همانندسازی ژنوم بگوموویروسها که از اختصاصیت باالی گونه ای برخوردار است، گونه های مختلفی از تیره Geminiviridae قادر به حمایت از تکثیر ژنوم بتاستالیت ها هستند. در این مطالعه، برهمکنش پروتیین های همراه با Beet curly top و (Begomovirus جنس، CLCuMuV (Cotton leaf curl Multan virus توسط کدشده همانندسازی virus(BCTV ،جنس Curtovirus با نواحی شبه ایترون شناخته شده در توالی ژنوم بتاستالیت در شرایط درون رایانه ای مورد ارزیابی قرار گرفت. برای این منظور، توالی ژن های کدکننده پروتیینها از بانک ژن دریافت شد. ضمن بررسی همترازی توالی های آمینواسیدی، ویژگیهای ساختار درجه دوم پروتیینها با استفاده از ابزارهای ProtParam و SOPMA مورد ارزیابی قرار گرفت. ساختار درجه سوم پروتیین های مورد نظر با استفاده از server TASSER-I تخمین زده شد. برازندهترین مدل حاصل برای هر کدام از پروتیینها، با استفاده از server web HADDOCK در برهمکنش با توالی شبه ایترون 3-GAGGACĆ-5 موجود در ژنوم بتاستالیت قرار داده شد. نتایج به دست آمده ضمن ارایه ساختار درجه سوم قابل اعتماد برای پروتیین های مورد بررسی، شباهت این ساختار را در پروتیین های همراه با همانندسازی گونه های متعلق به جنس های مختلف تیره Geminiviridae نشان داد. بررسی نتایج برهمکنش نشان داد که پروتیین همراه با همانندسازی گونه CLCuMuV از تمایل بالاتری در برهمکنش با توالی شبه ایترون بتاستالیت برخوردار است، در حالی که پروتیین کدشده توسط گونه BCTV نیز قادر به اتصال به توالی هدف بود. این نتایج ضمن تایید پتانسیل تکثیر بالانر بتاستالیت توسط و یروسهای مرتبط، بر نقش توالی های شبه ایترون در برهمکنش با پروتیین های همراه با همانندسازی ویروسهای کمکی تاکید می نماید. عالوه بر این، محلهای فعال شناسایی شده در پروتیینهای همراه با همانندسازی که در برهمکنش با ژنوم بتاستالیت نقش دارند، می توانند به عنوان هدفی در رویکردهای کنترل آلودگی ناشی از کمپلکس های بگوموویروس/بتاستالیت در نظر گرفته شوند.