توالی یابی کامل ژنومی آتادناویروس اردک A آداپته شده در تخم مرغ جنین دار

سندرم کاهش تولید تخم مرغ (EDS) در اکثر کشورهای دنیا به طور فراگیر در طیور صنعتی شایع است. این بیماری توسط آتادناویروس اردک A و یا ویروس EDS (EDSV) ایجاد می شود که عضوی از جنس آتادناویروس و خانواده آدنوویریده است. بیماری مرتبط با خسارات اقتصادی قابل توجه در صنعت طیور تجاری در سراسر دنیا بدلیل کاهش تولید تخم مرغ، کاهش کیفیت تخم مرغ و عدم رسیدن به پیک تولید می باشد. واکسن های کشته با ادجوانت روغنی عمدتا در طیور صنعتی استفاده می شوند و حفاظت خوبی را دربرابر EDS ایجاد می کنند. در این مطالعه، EDSV آداپته شده در تخم مرغ جنین دار مورد آنالیز ژنتیک و فیلوژنتیک قرار گرفت. پس از استخراج DNA ویروسی از مایع آلانتوییک تخم مرغ جنین دار آلوده، بااستفاده از 25 جفت پرایمر کل توالی ژنوم ویروسی توسط PCR تکثیر گردید. پس از تخلیص محصولات PCR، آمپلیکون ها مورد توالی یابی کل ژنومی بااستفاده از توالی یابی نسل بعدی (NGS) قرار گرفتند. همولوژی نوکلیوتیدی مشاهده شده بین ژنوم های سویه مورد مطالعه و سویه اصلی 127 مرغان تخم گذار (NC_001813) 9/99 درصد بود. ژنوم این سویه دارای طول 33213 نوکلیوتیدی با محتویات G+C 01/43 درصد بود. درمقایسه توالی ژنومی ویروس مورد مطالعه با سویه 127، تنها 3 پلی مورفیسم تک نوکلیوتیدی (SNP) بین این توالی های ژنومی ویروسی یافت شد. از این SNP ها، موتاسیون S320G و I62K در مناطق کدکننده پروتیین های فیبر و فرضی مشاهده شد که ممکن است در آداپتاسیون EDSV در تخم مرغ جنین دار نقش بازی کند. توالی یابی کل ژنوم EDSV بااستفاده از روش NGS اطلاعات جامعی در کشف واریانت های ژنتیکی ارایه می دهد. بعلاوه، اطلاعات توالی ژنومی EDSV فراهم کننده اطلاعات ارزشمند برای تولید واکسن در آینده نزدیک است.