ردیابی هم زمان دو گونه ویروس رگبرگ زرد نکروتیک چغندرقند و ویروس سوختگی سیاه چغندرقند با استفاده از واکنش زنجیره ای پلی مراز دوگانه

تاکنون ویروس های رگبرگ زرد نکروتیک چغندرقند (Beet necrotic yellow vein virus, BNYVV) و سوختگی سیاه چغندرقند (Beet black scorch virus, BBSV) به طور مجزا در ریشه های آلوده از مزارع چغندرقند ایران ردیابی شده اند. هدف از این مطالعه ردیابی هم زمان دو ویروس ذکرشده به منظور صرفه جویی در زمان و انرژی در فرآیند تشخیص آلودگی بود. بدین منظور از سه روش استفاده شد. در روش اول (روش رایج): ویروس ها با استفاده از واکنش زنجیره ای پلی مراز با ترانویسی معکوس (RT-PCR) به وسیله آغازگرهای اختصاصی مربوط به هر کدام و مجزا از یکدیگر روی ریشه آلوده ردیابی شدند. در روش های دوم و سوم، این دو ویروس به ترتیب با استفاده از واکنش زنجیره ای پلی مراز با ترانویسی معکوس به صورت تکی (Simplexrt-PCR) اما هم زمان در یک ترموسایکلر و به صورت دوگانه (DuplexRT-PCR) با به کارگیری دو جفت آغازگر اختصاصی ردیابی شدند. نتایج در روش های دوم و سوم نشان داد که با بهینه سازی دمای اتصال آغازگرهای اختصاصی (56 درجه سانتی گراد) مبتنی بر ناحیه ژن کد کننده پروتیین پوششی، به ترتیب قطعات هدف 391 و 453 جفت بازی از ژنوم BNYVV و BBSV تکثیر می یابند. در نتیجه این دو روش جهت ردیابی هم زمان مناسب بوده و ازنظر صرفه جویی در زمان و انرژی مقرون به صرفه است و همچنین قابلیت استفاده از آن ها به منظور تهیه نقشه پراکنش در مناطق کشت چغندرقند و نیز ارزیابی و شناسایی لاین های مقاوم چغندرقند در برنامه های به نژادی در شرایط گلخانه وجود دارد.