جداسازی، همسانه سازی مولکولی و بررسی بیوانفورماتیکی ژن سرین پروتئاز htrB استخراج شده از Bacillus licheniformis

پروتیازها از مهم ترین آنزیم های صنعتی محسوب می شوند. معمولا برای تولید این آنزیم ها برای مصارف صنعتی از باکتری های متعلق به جنس باسیلوس استفاده می شود. هدف از این پژوهش جداسازی، همسانه سازی، تعیین توالی و بررسی بیوانفورماتیکی ژن سرین پروتیاز htrB استخراج شده از باکتری باسیلوس لیکنی فورمیس بود. در این مطالعه، پس از استخراج DNA باکتریایی، یکی از ژن های سرین پروتیاز با نام htrB از باکتری Bacillus licheniformis با استفاده از تکنیک واکنش زنجیره ای پلی مراز جداسازی شد. قطعه تکثیر شده به طول 1371 نوکلیوتید در ناقلpTG19-T  همسانه سازی شد و درستی همسانه سازی به وسیله توالی یابی تایید شد. سپس ژن همسانه سازی شده موجود در پلاسمید نوترکیب pTG19-T-htrB، در ناقل (+) pET41a همسانه سازی شد. ساختار مولکولی، ویژگی های بیوشیمیایی و فیلوژنتیکی پروتیین کد شده توسط این ژن مورد بررسی قرار گرفت. این ژن پروتیینی با 456 آمینواسید را کد می کند که وزن مولکولی محاسبه شده و نقطه ایزوالکتریک پیش بینی شده آن به ترتیب برابر 66/48 کیلو دالتون و 85/4 می باشد. بررسی ها نشان داد که آنزیم مذکور در دسته آنزیم های پایدار قرار گرفته و در باکتری اشرشیاکلای به صورت محلول بیان خواهد شد. بر اساس نتایج حاصل از بررسی های فیلوژنتیکی، توالی پروتیینی به دست آمده شباهت زیادی را با توالی های سایر باسیلوس ها از قبیل B. subtilis، B. gobiensis وB. pumilus نشان داد. ساختار سه بعدی آنزیم کلون شده با استفاده از ابزارهای PyMOL، PHYRE2، I-TASSER، RAPTORX و Modeller پیش بینی شد. پس از ارزیابی مدل های ترسیم شده مشخص شد که مدل های ارایه شده توسط دو نرم افزار PHYRE2 و RAPTORX مدل های مطلوبی برای پیش بینی ساختار سه بعدی این پروتیاز هستند.