بررسی تنوع ژنتیکی و شناسایی نشانه های ردپای انتخاب در چهار نژاد اصلی اسب ایرانی

انتخاب های طبیعی و مصنوعی باعث تغییر در فراوانی آللی در بین جمعیت ها شده و به صورت مداوم الگو های قابل شناسایی را بر روی سطح ژنوم طی فرآیند اهلی سازی برجای می گذارند. اطلاعات کمی در خصوص تفاوت های ساختارهای ژنتیکی در نژادهای اسب بومی ایران که منتج از فشارهای انتخابی هستند وجود دارد. بنابراین، در این مطالعه با استفاده از اطلاعات چهار نژاد اسب بومی شامل ترکمن (29 نمونه)، کاسپین (21 نمونه)، کرد (67 نمونه) و اصیل ایرانی (52 نمونه) به بررسی تنوع ژنتیکی پرداخته شد.

برای این منظور سه روش تجزیه مولفه های اصلی (PCA)، پیوستگی مجاور (NJ) و اختلاط جمعیتی مورد بررسی قرار گرفت. در ادامه با کمک ادغام سه روش مختلف شناسایی نشانه های انتخاب شامل TajimaD، تنوع نوکلیوتیدی (pi) و درجه هاپلوتایپی یکپارچه (iHS) اقدام به شناسایی ردپاهای انتخاب در این نژادها گردید. برای ادغام نتایج مختلف این سه روش، از چهارچوب ترکیب همبسته سیگنال های چند گانه استفاده گردید.

تمام روش های مورد استفاده برای بررسی ساختار ژنتیکی، به خوبی این چهار نژاد را از هم جدا نموده و یک الگوی مرتبط با منشاء جغرافیایی را برای تنوع ژنتیکی آن ها نشان داد. با ترکیب روش های مختلف شناسایی نشانه های انتخاب، تعداد زیادی از ژن های تحت تاثیر فشار انتخاب در هر چهار نژاد شناسایی گردید. این ژن ها با مسیرهای خاص GO و نواحی مرتبط با QTL در ارتباط بودند. تعداد 16 ژن مشترک در بین چهار نژاد به عنوان ژن های کاندید انتخاب شناسایی گردید. بعلاوه، در هر چهار نژاد تحت بررسی تعداد 11 نوع QTL مشترک شناسایی گردید که به دسته صفات مرتبط با سازگاری، شایستگی از طریق نقص های ژنتیکی و یا رفتاری و ظاهری قابل تقسیم بودند.

در مجموع نتایج بدست آمده در این تحقیق می تواند در درک بهتر فرآیند انتخاب طبیعی و مصنوعی در اسب های ایران کمک نماید. همچنین این تحقیق به درک بهتر تفاوت های ژنتیکی بین نژادهای اسب بومی ایران کمک نموده که می تواند در یافتن بهترین راه حل برای حفظ و بهبود تنوع ژنتیکی کمک شایانی نماید.