شناسایی مقیاس گسترده نشانگرهای مولکولی ریزماهواره از طریق توالی یابی RNA در گیاه دارویی بومادران

گیاه دارویی بومادران (L.Achillea millefolium ) به دلیل داشتن کارکردهای مختلف دارویی و صنعتی یکی از گونه های با ارزش در مراتع ایران و جهان است.

در این مطالعه، از توالی یابی ترنسکریپتوم برگ و گل آذین بومادران با استفاده از پلتفرم 2500 Illumina Hiseq جهت شناسایی نشانگرهای ریزماهواره استفاده شد.

طبق نتایج توالی یابی نوپدید حاصل از نمونه های به دست آمده از گیاه دارویی بومادران کشت شده در موسسه تحقیقات مراتع و جنگل های کشور، 9450 توالی تک رونوشت (6920 توالی تک ژن) حاوی 10570 ریزماهواره بالقوه یافت شد. فراوان ترین نوع ریزماهواره ها، دی نوکلیوتیدها (62 %)، بعد از آن تری نوکلیوتید (2748 عدد، 26 %)، مونوکلیوتیدها (7%) بودند. مجموعا، 69 درصد ریزماهواره ها از نوع ریزماهواره کلاس دوم (10 تا 20 نوکلیوتید) و 31 درصد از نوع ریزماهواره کلاس اول (بیش از 20 نوکلیوتید) بودند. فراوانی ریزماهواره ها در ترانسکریپتوم گل آذین یک در هر 10 کیلوباز توالی یکپارچه شده بود. درتفسیر تک ژن ها مجموعا 1/762 (22/3 %)، 4723 (53/3 %)، 3714 (47/5 %)، 4517 (51/3 %) و 5189 (60/7 %) تک ژن از همه کتابخانه ها به‎ترتیب به پایگاه های داده KAAS، آرابیدوپسیس، UniProt، پروتیین های Non-redundant پایگاه NCBI و آفتابگردان گزارمان شدند. در بین85421 توالی تک ژن حاوی تکرارهای ریزماهواره، تعداد 38440 توالی تک ژن (45 %) دارای دسته بندی کارکردی و همه ی تک ژن ها در 52 دسته قرار داشتند.

در میان همه تک ژن های دسته بندی شده 3220 تک ژن (65 درصد) به دسته "فرایند متابولیکی" متعلق بود که از میان آنها 90 تک ژن (3 %) به دسته "فرایند متابولیکی ثانویه" تخصیص داشت. معرفی این نشانگرها می تواند برای مطالعات آینده انتخاب به کمک نشانگر، تنوع ژنتیکی و ساخت نقشه های ژنتیکی در این گیاه دارویی مورد بهره برداری قرار گیرد.