مطالعه ژن های موثر بر تولید الیاف پشم در گوسفند برپایه آنالیز هستی شناسی

به دلیل اهمیت اقتصادی پشم گوسفند، تاکنون تحقیقات گسترده ای در زمینه ساختار و اساس ژنتیکی آن صورت گرفته است. شناسایی ژن های موثر بر صفات اقتصادی از اهداف مهم اصلاح نژادی در پرورش گوسفند است. از پتانسیل ژنتیکی و عملکردی ژن ها می توان در جهت دستیابی به محصولات تولیدی با بهترین کیفیت و کمیت استفاده نمود. برای تجزیه و تحلیل داده های حجیم، روش های تعیین توالی مقرون به صرفه ای وجود دارد که به درک مکانیسم ها و زمینه ژنتیکی صفات مختلف کمک کرده است. شناسایی ویژگی های متفاوت ژن های کاندید و انواع ژنوتیپ های مرتبط با صفات مهم فنوتیپی، در اصلاح نژاد حیوانات ضروری است. لذا، هدف از مطالعه حاضر شناسایی ژن های موثر بر تولید الیاف پشم در گوسفند بر پایه آنالیزهای عملکردی آن ژنها می باشد.

ابتدا داده های مورد استفاده برای این تحقیق از پایگاه داده ای GEO با شماره دسترسی GSE85844 دانلود شدند. در پژوهش حاضر معیار انتخاب ژن ها تفاوت بیان در دامنه (<-0.3 0.3< LogFC) و آماره P-value در سطح کمتر از 5 درصد بود. پس از شناسایی و مشخص شدن ژن ها با تفاوت معنی دار برای آنالیز هستی شناسی ژن ها از پایگاه داده DAVID استفاده شد. به منظور بررسی برهمکنش و ارتباط بین ژن های درگیر در تولید الیاف پشم از پایگاه اطلاعاتی STRING استفاده و آنالیز شبکه توسط بسته نرم افزاری Cytoscape انجام شد.

تعداد 1008 ژن با بیان متفاوت و معنی دار شناسایی شد (p<0.05). ژن ها با Log FC <- 0.3 بیان پایینی دارند و تعداد آن ها 431 عدد بود و ژن های با Log FC> 0.3 بیان بالایی دارند و تعداد آن ها 577 عدد است. نتایج هستی شناسی برای ژن های CHRD و PLOD1 BMP4 و ITGA5 نشان داد که این ژن ها در مسیرهای مرتبط با مورفوژنز و ساخت تارهای مو، بازسازی فولیکول های مو و توسعه و تراکم پوست موثر هستند.

انتخاب برای بهبود کیفی در پشم تولیدی در گوسفندان با استفاده از این یافته ها، سبب تسریع پیشرفت ژنتیکی برنامه های اصلاح نژادی مرتبط خواهد گردید.