Bioinformatics Aanalysis of Lampyridae Family Luciferases by Homology Modeling and Substrate Docking Studies

Message:
Article Type:
Research/Original Article (دارای رتبه معتبر)
Abstract:
Codon usage and rare codons have mixed results on the protein structure and function. An increasing amount of data is shown that replacing the rare codons with frequently synonymous ones has diverse results as a decrease in a protein’s specific activity, changing the folding pathway, and reducing protein solubility. In this study, we investigated the situation of codon usage of the Lampyridae family luciferases using computational databases. For this, the codon feature of these luciferases was studied, bioinformatically. Also, in silico analyses of this enzyme were conducted by structural modeling on the I-TASSER web server. The status of these rare codons in these structural models was studied using SPDBV and PyMOL software. Finally, the binding site properties were studied using the AutoDock Vina. Using molecular modeling, two rare codons (Arg533 and Arg536) were analyzed that may have a critical role in the structure and function of these luciferases. AutoDock Vina was used in molecular docking that recognizes some residues that yield closely related to luciferyl-adenylate binding sites. These analyses created a new understanding of the sequence and structure of these luciferases, and our findings can be used in some fields of clinical and industrial biotechnology. This bioinformatics analysis plays an essential role in the design of new drugs.
Language:
English
Published:
Biomacromolecular Journal, Volume:7 Issue: 3, Winter 2021
Pages:
126 to 137
magiran.com/p2647134  
دانلود و مطالعه متن این مقاله با یکی از روشهای زیر امکان پذیر است:
اشتراک شخصی
با عضویت و پرداخت آنلاین حق اشتراک یک‌ساله به مبلغ 1,390,000ريال می‌توانید 70 عنوان مطلب دانلود کنید!
اشتراک سازمانی
به کتابخانه دانشگاه یا محل کار خود پیشنهاد کنید تا اشتراک سازمانی این پایگاه را برای دسترسی نامحدود همه کاربران به متن مطالب تهیه نمایند!
توجه!
  • حق عضویت دریافتی صرف حمایت از نشریات عضو و نگهداری، تکمیل و توسعه مگیران می‌شود.
  • پرداخت حق اشتراک و دانلود مقالات اجازه بازنشر آن در سایر رسانه‌های چاپی و دیجیتال را به کاربر نمی‌دهد.
دسترسی سراسری کاربران دانشگاه پیام نور!
اعضای هیئت علمی و دانشجویان دانشگاه پیام نور در سراسر کشور، در صورت ثبت نام با ایمیل دانشگاهی، تا پایان فروردین ماه 1403 به مقالات سایت دسترسی خواهند داشت!
In order to view content subscription is required

Personal subscription
Subscribe magiran.com for 70 € euros via PayPal and download 70 articles during a year.
Organization subscription
Please contact us to subscribe your university or library for unlimited access!