مهار پروتئین VP1 ویروس بیماری تب برفکی با استفاده از پپتیدهای اختصاصی ضد ویروسی: یک بررسی اینسیلیکو

بیماری تب برفکی یکی از تهدیدهای مهم در صنعت دامپروری است که خسارات اقتصادی زیادی را به دنبال دارد. پروژه فعلی برای مهار پروتیین VP1 ویروس تب برفکی با استفاده از پپتیدهای اختصاصی طراحی شده است. برای انجام این پروژه، طیف گسترده ای از پپتیدهای ضد ویروسی بالقوه از پایگاه داده جمع آوری شدند. خواص فیزیکوشیمیایی، آبگریزی/آب دوستی و خواص حلالیت پپتیدهای ضد ویروسی بالقوه با استفاده از سرورهای قابل اعتماد مورد بررسی قرار گرفت. سپس ساختارهای سوم پپتیدهای انتخابی همراه با پروتیین VP1 توسط سرور I-TASSER مدل سازی شدند. علاوه بر این، تقابل بین پروتیین VP1 و پپتیدهای ضد ویروسی انتخاب شده با استفاده از سرور ClusPro 2.0 مورد بررسی قرار گرفت. در نهایت، خروجی های داکینگ مولکولی توسط LigPlot+ ارزیابی و توسط نرم افزار PyMol مشاهده شدند. نتایج نشان داد که پپتیدهای Dermaseptin-3، Ginkbilobin، Circulin-F، Maximin1، Cycloviolin-A، Cycloviolin-D، Circulin-C، Cycloviolin-C وAntihypertensive protein BDS-1 دارای آبگریزی >30 و به دلیل شاخص ناپایداری مثبت، محلول قلمداد شدند و همچنین دارای شارژ خالص مثبت نیز بودند. نتایج فرآیند داکینگ مولکولی نشان داد که پپتیدهای Dermaseptin-3 و Ginkbilobin می توانند پروتیین VP1 را با استفاده از 10 پیوند هیدروژنی به شدت مهار کنند. بنابراین، این دو پپتید که دارای بیشترین پیوند هیدروژنی بودند، به عنوان بهترین پپتیدهای ضد ویروس تب برفکی برای استفاده معرفی شدند.