بررسی و آنالیز ژن های پاسخگو به پاتوژن ها در سیب زمینی ‏

عملکرد سیب زمینی به عنوان یکی از منابع مهم در تامین مواد اولیه غذایی و صنعتی در ایران و جهان، تحت تاثیر پاتوژن های مختلف می باشد. از بین این پاتوژن ها، PVY،PVX و نماتد جزء اصلی ترین عوامل کاهش عملکرد هستند. مکانیسم مولکولی زمینه ساز مقاومت بیماری در سیب زمینی تا حد زیادی ناشناخته باقی مانده است. در این مطالعه، آنالیز پروفایل های بیان ژن از مجموعه داده های GEO سه آلودگی پاتوژن در سیب زمینی انجام شد و صفات مورفولوژیکی تحت چهار تنش مورد بررسی قرار گرفت. برای این منظور 501 ژن مشترک با بیان متفاوت (DEGs) در دو آزمایش بر روی سیب زمینی بررسی شد. تجزیه و تحلیل غنی سازی عملکردی نشان داد کهDEGs بیش تر در چرخه نیتروژن و متابولیکی اولیه، اتصال GTP و اتصال GTPase نقش دارند که پس از تلقیح با پاتوژن های مختلف به طور مداوم تنظیم می شوند. بر اساس آنالیز صفات مورفولوژی تحت چهار تنش، PVY و برهم کنش PVX/PVY اختلاف معنی داری را با سایر تنش ها (PVX و نماتد) بر روی این صفات بر جای گذاشت. از داده های ریزآرایه مربوط به سیب زمینی استخراج شده از پایگاه داده GEO برای تجزیه و تحلیل شبکه هم بیان ژن وزن دار (WGCNA) استفاده شد. بر اساس نتایج شبکه 2 گروه (ماژول) ژنی به دست آمد که پروفایل بیان آن ها در پاسخ به چهار تنش فوق الذکر همبستگی بالایی با یک دیگر داشتند. نتایج این آزمایش بینش ارزشمندی را در مورد مسیرها و ژن های تحت تاثیر ویروس های PVY، PVX، PVX/PVY و نماتد سیب زمینی ارایه می دهد که ممکن است شناسایی ژن های مقاومت به بیماری های متعدد در سیب زمینی را تسهیل کند.