پیش بینی بهترین نواحی تحریک کننده سیستم ایمنی پروتئین Vif ویروس HIV در بیماران ایرانی مبتلابه ایدز

ویروس HIV دارای حداقل شش ژن تنظیمی است که از بین آن ها پروتیین Vif  می تواند تکثیر ویروس را کنترل کند . این مطالعه برای اولین بار به بررسی جهش های مهم در پروتیین VIF در توالی های مربوط به بیماران ایرانی پرداخته است و با استفاده از دانش ایمونوانفورماتیک ، مناطق ثابت این پروتیین و توالی های اپیتوپی B-Cell  ، T-CELL و CTL تعیین گردید .

توالی های VIF از بانک ژنی NCBI جمع آوری گردید و از طریق نرم افزارهای بیوانفورماتیک،  ساختار سوم و جایگاه های اپیتوپی B-Cell  ، T-CELL و  CTLآن ها پیش بینی شد و خواص آنتی ژنیک و حساسیت زایی آن ها موردمطالعه قرار گرفت .
یافته ها :بیشترین شیوع جهش ها به ترتیب مربوط به جایگاه های S 49 P (90%) و S 140 N و N 186 S (80%) بود. هم چنین  دو جابه جایی باقابلیت تاثیر در قدرت اتصال پروتیین VIF  به فاکتور میزبان  در جایگاه های 41 و42 در این مطالعه معرفی شدند. سه منطقه به عنوان توالی های اپیتوپی با تحریک کنندگی بالا و حساسیت زایی کم تعیین شد که از میان آن ها ناحیه 5-32 به عنوان بهترین ناحیه برای طراحی واکسن پیشنهاد شد.

 
این مطالعه به عنوان اولین مطالعه از ایران با به کاربردن ابزارهای بیوانفورماتیکی یک ناحیه باقابلیت بالای تحریک سیستم های ایمنی همورال و سلولی و هم چنین کمترین خواص حساسیت زایی معرفی شد، که می تواند در مطالعات آتی در زمینه واکسن های ضد HIV مورداستفاده قرار گیرد.