بررسی اثر ضد ویروسی پپتید CLF36 و CLFarm بر پروتئین P32 ویروس آبله گوسفندی از طریق شبیه سازی داکینگ مولکولی

آبله گوسفندی یکی از شایع ترین بیماری ها در گوسفندان به شمار می رود. در حال حاضر درمان اختصاصی برای این بیماری ویروسی وجود ندارد. هدف از این پژوهش بررسی پپتید ضدمیکروبی CLF36 و نوع مهندسی شده این پپتید (CLFarm) بر روی پروتیین سطحی ویروس آبله گوسفندی P32 و رسپتورهای سلولی این پروتیین نظیر هپارین سولفات و UDP-N- استیل گلوکوزآمین بود. ساختار سوم P32 با استفاده از نرم افزارهایی چون I-TASSER انجام شد. برهمکنشها در یک محیط رایانه ای ایجاد شده با کمک ابزار بیوانفورماتیک همانند نرم افزارهای HDOCK به صورت استاتیک و با استفاده از Gromacs در بخش دینامیک مولکولی صورت گرفت. نتایج این مطالعه نشان داد اسیدآمینه های پپتید CLF36 درگیر در ایجاد پیوند هیدروژنی با P32 شامل D1، K5، V8، Q11، K9، R16، R22، K25، R27 و K34 و برای CLF36 arm شامل K5، K9، Q11، K13، R27، W30، Q31 و K35 می باشد. نتایج داکینگ نشان داد که پپتیدها به سه ناحیه ی اپی توپی EP1,4,8 در پروتیین P32 متصل شدند. اتصالات هیدروژنی بین CLF36 arm و دو رسپتور UDP-N- استیل گلوکزآمین و هپارین سولفات به ترتیب شامل Gln 11, Trp 30 و Trp 4, Trp 30, Gln 11, Arg 27 Cys 33 بود؛ در حالیکه اتصالات بینCLF36  با این دو رسپتور ضعیف گزارش شد. در بخش دینامیک مولکولی، گراف آنالیزهای RMSF و RMSD و Gyrate برای هر دو پپتید نوسانات کمی را نشان دادند که به دلیل جزیی بودن، نادیده گرفته شدند. نهایتا، نتایج نشان داد که هر دو پپتید عملکرد مناسبی را در مدت زمان 50 نانوثانیه در برابر P32 دارند.