ردیابی نشانه های انتخاب مثبت مرتبط با صفات مهم اقتصادی در نژادهای گوسفند ایرانی (زندی) و مصری (بارکی و راهمنی) با استفاده از روش hapFLK

انتخاب طبیعی و مصنوعی در جهت افزایش فراوانی جهش های جدیدی که در برخی از جمعیت ها مفید هستند باعث بر جای گذاشتن نشانه هایی در سطح ژنوم می شود. هدف از پژوهش حاضر، شناسایی نشانه های انتخاب بین نژادهای گوسفند بومی ایران با نژادهای مصری بود. بدین منظور از اطلاعات 96 راس گوسفند زندی و 107 راس گوسفند مصری (59 راس بارکی و 48 راس راهمنی) استفاده شد. پس از اجرای مراحل مختلف کنترل کیفیت داده ها، برای شناسایی نشانه های انتخاب از روش آماری hapFLK به وسیله نرم افزارhapFLK  نسخه 4/1 استفاده شد. ژن های کاندیدا با استفاده از چندشکلی های تک نوکیوتیدی (SNP) که در بازه 1/0 درصد بالای ارزش hapFLK، واقع شده بودند با استفاده از برنامه BioMart شناسایی شدند. سپس عملکرد زیستی ژن ها با استفاده از پایگاه اطلاعاتی PANTHER بررسی شده و برای تفسیر عملکرد ژن های کاندیدا از پایگاه های برخط GeneCards و UniProtKB استفاده شد. نتایج حاصل از hapFLK نشان داد که در مقایسه جمعیت گوسفند بومی زندی با نژادهای مصر،ی هفت ناحیه ژنومی روی کروموزوم های یک، دو (سه منطقه)، 10، 25 و 26 شناسایی شدند. بررسی ژن های گزارش شده در این مناطق نشان داد که در داخل یا مجاورت این نواحی، ژن های DNAJB4، FNDC3B، GULP1، ACVR1 و FGF9 قرار داشتند. ژن های موجود در این مناطق با سیستم ایمنی، سازگاری، تعداد بره متولد شده و رشد عضلات مرتبط هستند. نتایج این تحقیق می تواند منبع اطلاعاتی ارزشمندی در زمینه شناسایی مناطق ژنومی مرتبط با صفات در نژادهای مختلف گوسفند فراهم آورد. به هر حال، جهت شناسایی دقیق این ژن ها و جایگاه های کنترل کننده صفات کمی یا QTLها لازم است مطالعات پیوستگی و عملکردی بیشتری انجام شود.