فراتحلیل داده های بیانی RNA-Seq و Microarray برای شناسایی ژن های موثر در رشد و نمو عضله گوسفند

امروزه می توان با روش های بیوانفورماتیکی داده های حاصل از مطالعات و پلتفرم های مختلف را ادغام و از آن ها بهره برد. در این مطالعه، با ادغام داده های ریزآرایه و RNA-Seq بافت عضله گوسفند نژاد تکسل موجود در پایگاه داده به مقایسه پروفایل ترنسکریپتومی عضله در دو مقطع سنی جنینی و بلوغ پرداخته شد. برای محاسبه مقادیر بیانی عضله ریزآرایه مربوط به دوران جنینی از بسته های نرم افزاری Limma، Biobase و GEOquery در محیط R و برای محاسبه مقادیر بیانی عضله RNA-Seq از پروتکل Tuxedo و بسته نرم افزاری HTSeq در محیط لینوکس و بسته نرم افزاری DESeq2 در محیط R استفاده شد. سپس دو نوع مقادیر بیانی ادغام شدند. نتایج نشان داد، در بافت عضله بین مقطع سنی بلوغ و جنینی بیان 62 ژن (37 ژن افزایش و 25 ژن کاهش بیان) اختلاف معناداری داشتند. با رسم شبکه ژنی بین ژن های افتراقی، 15 ژن منتخب MYH1، ACTN3، CASQ1، TMOD4، FBP2، SLC2A4، MX1، COX4I1، SOD2، MFN2،UQCRB، UCP3، PRKAB2، PHKG2، PPP1R3C شناسایی شدند. عملکرد این ژن ها در تکثیر سلولی، تشکیل میوفیبریل ها و متابولیسم های چربی زایی ثابت شده است. آنالیز هستی شناسی ژن های افتراقی نقش برخی از این ژن ها مثل ACTN3 وCASQ1 را در فرآیندهای زیستی مثل توسعه سلول عضلانی مخطط، مسیرهای علامت دهی Calcineurin-NFAT و JAK-STAT آشکار کرد. این مطالعه علاوه بر تایید روش ادغامی داده های ناهمگن، دیدی کلی از تفاوت های ترنسکریپتومی بافت عضله گوسفند تکسل در دو مقطع مهم سنی را فراهم آورد تا ژن های منتخب معرفی شده منبع مفیدی برای بررسی های زیستی ژن های مربوط به رشد و نمو عضله باشد.