بررسی تغییرات فیلوژنتیکی در ژن ORF9b ویروس های SARS-CoV-2 جداسازی شده در ایران

پروتیین  ORF9b  که یک پروتیین جانبی ویروس سارس-2  (SARS-CoV-2) می باشد از طریق مکانیسم هایی می تواند در بیماری زایی ویروس نقش داشته باشد. جهش در این ناحیه ژنی کد کننده می تواند بر عملکرد پروتیین و شدت بیماری اثر بگذارد. بنابراین در این مطالعه به بررسی جهش ها در ژن ORF9b ویروس های سارس-2  جداسازی در ایران می پردازیم.

توالی های ORF9b مربوط به ویروس های سارس-2  جداسازی شده در ایران که در پایگاه اطلاعاتی مرکز ملی اطلاعات زیست فناوری (National Center for Biotechnology Information) یا  به اختصار NCBI ثبت شده بودند و همچنین توالی ORF9b سویه ووهان به عنوان سویه مرجع استخراج گردید. تغییرات اسید آمینه ای بررسی و همچنین درخت فیلوژنتیکی توالی های استخراج شده با سویه مرجع ووهان با استفاده از نرم افزار مگا ورژن 7 و روش نیبرجوینینگ رسم گردید.

در نهایت تعداد 24 توالی کامل ژنوم ویروس سارس -2 از NCBI استخراج گردید. بررسی در سطح اسید آمینه نشان داد که ORF9b مربوط به ویروس هایی که به تازگی جداسازی شده اند نسبت به سویه مرجع ووهان دچار تغییراتی شده اند. 3 تا از این تغییرات، در ناحیه اتصال این پروتیین به (TOM70)  Translocase Of Outer Mitochondrial Membrane 70 بود. همچنین رسم درخت فیلوژنتیکی نشان داد با گذر زمان در سویه های جداسازی شده، ژن ORF9b ویروس سارس-2  متفاوت تر شده است.

با توجه به نقشی که پروتیین ORF9b در پاتوژنز سارس-2  دارد و جهش هایی که در این پروتیین رخ می دهد، پیشنهاد می شود تغییرات در این پروتیین ویروسی در انواع جدیدی که شناسایی شده اند، پایش شود.