توسعه مارکرهای مولکولی EST-SSR در برنج (Oryza sativa L.) تحت تنش شوری و شناسایی ژن های کلیدی

در گیاهان EST-SSRs یا توالی های ساده تکراری بیان شونده برای بررسی تنوع ژنتیکی و توسعه مارکرهای مولکولی مرتبط با تنش های زیستی و غیرزیستی استفاده می شوند. با وجود این، در برنج مارکر های مولکولی محدودی در رابطه با EST برای سازش به تنش های غیرزیستی از جمله شوری برای استفاده در برنامه های اصلاح نباتات وجود دارد. از میان 8299 عدد EST  قابل دسترس در پایگاه داده NCBI برای تنش شوری در برنج، 525 contig  و 1139 singleton  به دست آمد. برای گزینش ارقام متحمل به تنش شوری در برنج 20 مارکر مولکولی EST-SSR از طریق آنالیز این contigها  و singletonها تعیین شد. آنتولوژی ژن مشترک و معن ی دار برای contigها  و singletonها عمدتا مرتبط با فرایند سلولی و پاسخ به تنش های غیرزیستی بود. بیشترین درصد فاکتورهای رونویسی برای contigها  و singletonها با ERF، Dof،MYB ،C2H2 ، BBR-BPC،bZIP  وWRKY  مرتبط بود. علاوه بر این، پروتیین شوک حرارتی HSP81-2 و تنظیم کننده های فعال سازی مکمل (RCA) به عنوان محصول های ژن های هاب شناسایی شدند که با مکانیسم های تحمل به تنش شوری مرتبط بودند. سه ژن hub ناشناخته (OS02T0161900-01، OsJ_19443 و OsJ_0403) حاوی مارکر های EST-SSR برای شناسایی عملکردشان از طریق مدل سازی همسان سازی ساختار پروتیین سه بعدی مورد بررسی قرار گرفتند و محصول OS02T0161900-01 به عنوان تترا یوبیکوییتین،  OSj-19443  به عنوان سرین/تریونین پروتیین کیناز/اندوریبونوکلیاز و OSj-04035 به عنوان ایزومراز تریوزفسفات شناسایی شد. اکثر ژن های hub به دست آمده در تحقیق حاضر مرتبط با تحمل به تنش های غیرزیستی بودند که می توان آن ها را به عنوان ژن های کاندید و فاکتورهای رونویسی درگیر در تحمل به تنش شوری منظور کرد. توسعه مارکرهای مولکولی عملکردی می تواند در تسهیل برنامه های اصلاح برنج موثر واقع شود. باوجوداین، قبل از استفاده از این نشانگرها تایید آزمایشگاهی آن ها لازم است.