پیشگویی اثر برازئین وحشی و جهش یافته های آن در موقعیت آسپارتات 40 بر روی TLR5 با استفاده از روش های مدل سازی بر مبنای داکینگ مولکولی

امروزه از پپتیدها و پروتیین های دارای خواص ضدسرطانی، ضد آلرژی و ضدالتهابی برای درمان استفاده می کنند. برازیین پروتیینی شیرین با 54 باقی مانده آمینواسیدی است که طبق گزارش ها دارای ویژگی ضد سرطانی مبتنی بر توالی و ساختار دارد. در این پژوهش نقش آسپارتات موقعیت 40 در ساختار و عملکرد پروتیین برازیین وحشی و جهش یافته ها و نیز ویژگی ضدسرطانی پپتیدهای حاصل شده بر روی گیرنده TLR5 بررسی شد. ازاین رو، چندین مدل از فرم های جهش یافته با استفاده از نرم افزار Modeller.v.9.20 طراحی و ساخته شد. سپس صحت مدل ها و ویژگی های فیزیکی-شیمیایی نوع وحشی و جهش یافته های D40N ، D40R و D40Deletion با استفاده از سرور ها و نرم افزارهای بیوانفورماتیکی مختلفی از جمله ProtParam ، ProtScale،SAVES ،PIC ، ModEval، و PredyFlexy مورد ارزیابی قرار گرفت. توالی پروتیین ها جهت پیش بینی خاصیت ضدسرطانی با استفاده از سرورهای ACPred و iACP مورد بررسی و مقایسه قرار گرفت. کیفیت و تحلیل اتصالات پروتیین وحشی و جهش یافته ها به عنوان لیگاند با گیرنده TLR5 ایجادکننده مسیر سیگنالینگ ضدسرطانی، به کمک داکینگ مولکولی و با استفاده از نرم افزار HADDOCK بررسی شد. نتایج بررسی فراسنجه های بیوانفورماتیکی نشان دهنده احتمال بهبود پایداری ساختار و عملکرد پروتیین برازیین و احتمال افزایش سطح در دسترس جهت اتصال با گیرنده می باشند. همچنین بنا بر نتایج حاصل از بررسی داکینگ مولکولی، احتمال اتصال پروتیین برازیین جهش یافته D40R به گیرنده TLR5 نسبت به دیگر پروتیین ها بیشتر است و این نشان دهنده احتمال افزایش خاصیت ضدسرطانی این جهش یافته می باشد؛ بنابراین پژوهش، قابلیت ارتقای کارکرد زیستی و دارویی برازیین با ایجاد جهش های گوناگون در موقعیت آسپارتات 40 وجود دارد.