ESR1 هدف جدیدی برای miR-15a-3p و lncRNA OIP5-AS1 و تحت تنظیم پلی مورفیسم rs2234693 در بیماران مبتلا به سرطان پستان: ادغام رویکرد بیوانفورماتیک و تجربی

پس از بیماری های قلبی و تصادفات، سرطان به عنوان سومین عامل مرگ و میر در ایران و به عنوان یک مشکل عمده بهداشتی در بسیاری از کشورهای توسعه یافته و در حال توسعه در نظر گرفته می شود. در سرطان پستان، سلول های پستان بدون کنترل رشد می کنند. این بیماری بر اساس نوع سلول های پستان که سرطانی می شوند انواع مختلفی دارد. این سرطان حدود یک سوم انواع سرطان را در جمعیت زنان تشکیل می دهد و علت اصلی مرگ و میر ناشی از سرطان در زنان در سراسر جهان است. گیرنده استروژن-α یکی از ایزوفرم های گیرنده استروژن است که توسط ژن گیرنده استروژن (ESR1)کدگذاری می شود. ESR-α یک گیرنده هسته ای است که به عنوان یک فاکتور رونویسی وابسته به لیگاند عمل می کند. پس از اتصال استروژن، ESR-α به نواحی پاسخ استروژن در پروموتر ژن های هدف متصل شده وسبب تغییر در بیان ژن های هدف می شود. مطالعه حاضر به بررسی سطح بیان ژن گیرنده استروژن (ESR1) و RNAهای طولانی غیر کدکننده (lncRNAs) مرتبط با آن و بررسی فراوانی آلل و ژنوتیپ پلی مورفیسم تک نوکلیوتیدی (SNP) rs2234693 در ژنESR1 در بیماران مبتلا به سرطان پستان پرداخت.

در این مطالعه موردی- شاهدی، بررسی بیان ESR1 و RNA های کدکننده و غیرکدکننده مربوط به آن توسط میکروآرایه (17 نمونه کنترل و 104 نمونه بیمار)،TCGA RNAseq  (بر روی 113 نمونه نرمال، 1102 تومور اولیه و 7 نمونه تومور متاستاتیک) انجام شد. آنالیز داده ها توسط R Studio و limma و پایگاه داده های ENCORI و GEPIA2 صورت گرفت. ارزیابی تعامل microRNAها توسط miRWalk و یافتن برهمکنش lncRNA توسط lncBase 3 انجام شد. برهمکنش پروتیین- پروتیین توسط STRING و آنالیز بقا و همبستگی توسطGEPIA2 و ENCORI بررسی شدند. آنالیزهای غنی سازی مسیر و آنتولوژی ژنی (GO) توسطKEGG و Enrichr و بررسی SNP توسط آزمایش RFLP انجام شد.

بیان ژن ESR1 در سرطا پستان افزایش داشت و ژن miR-15a-3p تعامل قابل توجهی با ESR1 وlncRNA OIP5-AS1 داشت. OIP5-AS1 و ESR1 در نمونه های بیمار بیان مثبت معنی داری داشتند. فراوانی ژنوتیپ های TC، TT و CC در افراد سالم به ترتیب 65 ، 15 و 20 درصد و در گروه بیمار 38/5، 38/5 و 23 درصد بود. تفاوت معنی داری در شیوع ژنوتیپ های ژن ESR1 بین بیماران و کنترل وجود داشت.

پلی مورفیسم ESR1 ممکن است با افزایش خطر ابتلا به سرطان پستان مرتبط باشد و rs2234693 T>CSNP می تواند یک نشانگر قوی برای غربالگری سرطان پستان در نظر گرفته شود. OIP5-AS1 ممکن است پیشرفت سرطان پستان را با تغییر در تنظیم بیان ESR1 تنظیم کند.