بهینه سازی استخراج اسید نوکلئیک و آرتی - پی سی آر برای ردیابی جدایه های ویروس برگ بادبزنی مو از تاکستان های شمال غرب کشور

یکی از عوامل بازدارنده واکنش زنجیره ای پلیمراز در ردیابی ویروس در درختان میوه، از جمله مو، وجود ترکیبات فنلی و پلی ساکاریدها در بافتهای آنها می باشد که از طرفی موجب تجزیه اسید نوکلئیک استخراج شده می شوند و از سوی دیگر از عمل آنزیم دی ان ای پلیمراز جلوگیری می کنند. در این بررسیف دو روش موسوم به فنل- کلروفرم و روش بدون فنل- کلروفرم، برای استخراج آران ای کل از درختچه های مو مشکوک به آلودگی با ویروس برگ بادبزنی مو (Grapevine fanleaf virus، GFLV) بکارگرفته شد. در مراحل بهینه سازی آرتی- پی سی آر، سنتز دی ان ای مکمل رشته اول با یکی از آغازگرهای اختصاصی (S2515، A3300) یا آغازگر Oligo d(T)16 انجام شد و متعاقب آن پی سی آر با دو جفت آغازگر اختصاصی CP 433V، CP 912C)) و (S2515، A3300)، روی نمونه شاهد و نمونه های جمع آوری شده که آر ان ای کل از آنها با دو روش مذکور استخراج شده بود، انجام گرفت. نتایج نشان داد که روش فنل- کلروفرم برای حذف مواد بازدارنده فنلی و پلی ساکاریدها در استخراج آر ان ای از درختچه مو مناسب نبوده است و این مواد در انجام PCR و عمل آنزیم ها اختلال ایجاد کرده اند اگر چه قطعات مورد انتظار از سلمه تره آلوده به GFLV افزایش داده شدند. با بکارگیری روش بدون فنل- کلروفرم و سپس آغازگر Oligo D(T)16 در مرحله سنتز دی ان ای مکمل رشته اول و آنگاه آغازگرهای S2515/A3300 یا CP433V/CP912C در مرحله PCR، قطعات دی ان ای مورد انتظار به ترتیب به طول حدود 810 یا 480 جفت باز از ژن پروتئین پوششی ویروس تکثیر شدند. بدین ترتیب شیوع ویروس برگ بادبزنی مو در استان های آذربایجان شرقی و اردبیل برای اولین بار محرز شد و زمینه برای شناسایی مولکولی جدایه های این ویروس فراهم گردید.