قرارداد اولیه تونل توحید 148 میلیارد تومان بود؛ این جمله ای است که حمزه شکیب رئیس کمیسیون عمران شورای شهر تهران آن را عنوان کرده است. وی اما انتقاد دارد که چرا این رقم بعدها تا 750 میلیارد تومان رسید.

تونل توحید در کنار طرفدارانی که دارد، با انتقادهای زیادی نیز روبرو است. حامیانش آن را پروژه ای کم نظیر می دانند که نماد توانایی و دانش بومی است. ساخت تونل توحید هرچند تحسین تعدادی از نمایندگان مجلس و برخی کارشناسان را برانگیخت، اما در مقابل، منتقدان و برخی کارشناسان معتقدند در ساخت تونل توحید دقت، فدای سرعت شد و عجله برای افتتاح این تونل در ایام نزدیک به انتخابات ریاست جمهوری دهم، دست اندرکاران و مدیران شهری را از توجه کافی به نکات ایمنی و فنی بازداشت.