عمده ترین مشکل باغ وحش ها در ایران را می توان در نبود حمایت ارگان های دولتی و شهرداری ها خلاصه کرد.

باغ وحش داری حرفه ای تخصصی و هزینه بر است به همین خاطر مدیریت باغ وحش های استاندارد هزینه های بالایی را طلب می کنند، اما متاسفانه بیشتر بخش های خصوصی در کشور از تامین هزینه های آن عاجزند.

افزون بر آن این روزها افرادی با ساخت چند قفس غیراستاندارد اقدام به احداث باغ وحش می کنند که متاسفانه به علت استاندارد نبودن جایگاه های حیوانات و سایر شرایط آسیب های جبران ناپذیری به حیوانات تحت مراقبت وارد می شود. این در حالی است که به دلیل نبود حمایت دولتی و هزینه های بالای نگهداری از حیات وحش، بسیاری از مراکز پس از مدت زمانی کوتاه غیرفعال و تعطیل می شوند. برای نمونه می توان به باغ وحش های خرم آباد و اردبیل اشاره کرد که به دلیل حمایت نشدن از سوی ارگان های دولتی تعطیل شدند.

باید یادآور شد فضای مناسب، ساخت تصفیه خانه فاضلاب حیوانی و جایگاه های استاندارد مخصوص گونه های خاص از الزامات احداث یک باغ وحش استاندارد و هزینه بر هستند. علاوه بر این نبود آشنایی با فرهنگ بازدید از باغ وحش از سوی مردم را می توان به عنوان دلیل دیگر کم رونق بودن باغ وحش ها دانست، چراکه بیشتر مردم به باغ وحش ها به عنوان تفرجگاه نگاه می کنند و از جنبه آموزشی این محیط غافلند، این در حالی است که در بسیاری از کشورهای پیشرفته مردم برای آشنایی با حیوانات بومی و غیربومی به باغ وحش می روند، اما در کشورمان فقط جنبه سرگرمی باغ وحش ها مدنظر بیشتر مردم قرار می گیرد.