در رسیدگی به پرونده های کیفری سیاسی-امنیتی که در دادسرا صورت می گیرد 3 مرحله تحقیق، تعقیب و درخواست صدور حکم را داریم. مرحله تحقیق حساس ترین مرحله در جریان رسیدگی است و با تاسف این مرحله به لحاظ اینکه تعریف خاصی از ضابط صورت گرفته و دامنه ضابط قضایی گسترش پیدا کرده است با چالش هایی مواجه شده است. ما ضابط عام داریم و ضابط خاص؛ ضابط عام نیروی انتظامی است و برابر قانون تشکیل دادگاه های عمومی و انقلاب، ضابط خاص یعنی وزارت اطلاعات و سپاه هم جزو ظابطان قرار گرفته اند. وضعیت ویژه و نگاه خاص امنیتی که الزاما و اجبارا این دو نهاد- یعنی وزارت اطلاعات و حفاظت اطلاعات سپاه پاسداران- دارند اما باعث می شود که مرحله تحقیق در پرونده های امنیتی و سیاسی با نگاهی خاص رسیدگی شود. 

به همین اعتبار دستگاه قضایی به اجبار در مسیری قرار می گیرد که برای گزارش ضابطان این دو نهاد به لحاظ اهمیت جایگاه شان، اعتبار ویژه ای قایل می شود. این موضوع به نظر من استقلال نهاد قضایی را زیر سوال می برد. نظام های قضایی کشورهای دیگر برای جلوگیری از این وضعیت در پرونده های کیفری راه حلی پیدا کرده و آن هم این است که ضابط محور نباشد و در همین راستا حضور هیات منصفه را در این پرونده ها در نظر گرفته است. در قانون اساسی ما هم هیات منصفه در نظر گرفته شده است؛ هیات منصفه در رسیدگی ها، آینه نگاه جامعه به موضوع است. در طول سال های گذشته چندین پرونده بوده که نشان داده متاسفانه ضابطان با توجه به نگاه امنیتی شان مسیری را رفته اند که درنهایت مشخص شده مسیر درستی نبوده است. مثلا در مورد پرونده قتل های زنجیره ای تحقیقاتی صورت گرفت که باعث شد، پرونده از نهادی گرفته و به نهاد دیگری سپرده شود. در مورد ترور دانشمندان هسته ای هم پس از مدتی مشخص شد که مسیر طی شده در پرونده و تصمیمات اتخاذ شده، مسیری صحیح نبوده است. اینها تجربه های تلخی هستند اما به باور من قاضی گناهی ندارد؛ او حس می کند که این ضابط خاص با توجه به تجربه، تخصص و جایگاهی که دارد حتما تحقیقاتش بر اسلوبی استوار شده که این اسلوب، امنیت کشور را تامین می کند و به همین دلیل است که متاسفانه در مواردی- نه در همه موارد- قضات در پرونده های امنیتی، نگاه یا گزارش ضابط را الزاما واقعی می دانند که این مساله خطرناک است.  از طرف دیگر ما در شعباتی که به پرونده های امنیتی رسیدگی می کنند، گستره ای نداریم. اشکال عمده دیگری که درحال حاضر با آن مواجهه ایم نیز اجرای تبصره ماده 48 است...

وکلای ویژه ای که می گویند مورد وثوق رییس قوه قضاییه هستند از سوی ریاست دستگاه قضایی به عنوان وکلای تبصره ماده 48 انتخاب می شوند و در برخی پرونده ها فقط از آنها استفاده می شود. این اتفاق در حالی افتاده که همه مسوولان قضایی کشور ازجمله آقای محمد مصدق، معاون حقوقی قوه قضاییه گفته اند که چنین تصمیمی «وهن دستگاه قضایی» است. در حال حاضر نگاهی ویژه از ضابط، قاضی و اخیرا هم از جانب وکیل بر پرونده های سیاسی و امنیتی حاکم شده و این مساله باعث ایجاد اشکالی شده که از نظر من استقلال قاضی را تحت الشعاع نگاه ضابطان خاص قرار می دهد؛ چراکه قاضی بر این باور است که این ضابطان خاص که حافظ امنیت کشورند در تحقیقاتی که انجام داده اند، نگاهی به حفظ امنیت داشته اند. حال آنکه من بر این باور نیستم. آن نگاهی که ضابطان دارند، نگاهی ویژه است به عنوان مطلب؛ چنانچه در همان مساله ترور دانشمندان هسته ای چنین مساله ای را شاهد بودیم. ترور دانشمندان هسته ای ما ازجمله مجید شهریاری، مصطفی احمدی روشن و مسعود علی محمدی دل همه را به درد آورد. نخبگانی این چنین را به راحتی نمی توان پیدا کرد اما روزی که این افراد به شهادت رسیدند از آنجا که ما اصل قضیه که شهادت بود را ضربه ای به انقلاب و حیثیت ایران می دانستیم هر تصمیمی که ضابطان درباره کسانی که دست اندرکار بودند، گرفتند به راحتی پذیرفتیم و به این توجه نکردیم که ضابطان در واقع سوژه را به درستی انتخاب کرده اند یا خیر. اصلاح این وضع نیز تنها یک راه دارد و آن اعمال حاکمیت قانون است. تمام پرونده های امنیتی و سیاسی باید هیات منصفه داشته باشند؛ هیات منصفه واسط میان متهم، دادستان، ضابط و واقعیت است در نتیجه باعث می شود، احکام این چنینی صادر نشوند. همچنین کنار استفاده از هیات منصفه باید تبصره مفسده انگیز ذیل ماده 48 که گفته شده «وهن دستگاه قضایی» است و حیثیت دستگاه قضایی ما را در سطح بین المللی زیر سوال برده است، حذف شود و افراد بتوانند از وکلای منتخب خود استفاده کنند. موضوع دیگری که باید مد نظر قرار گیرد، تقسیم شدن پرونده ها در دادگاه است؛ یعنی شعبه ویژه نداشته باشیم. طبیعی است که وکیل ویژه، شعبه ویژه و ضابط ویژه به استقلال دستگاه قضایی آسیب می زند.