با پیش رفتن تحقیقات، سیدهادی هاشمی برادر سیدمهدی و داماد آیت الله منتظری نیز به دلیل اتهاماتی چون زمینه سازی برای ارتباط وابستگان به منافقین با بیت آیت الله منتظری و شایعه پراکنی علیه مسئولان نظام، بازداشت و نهایتا به یکی از نقاط کشور تبعید شد.

آیت الله منتظری از حضرت امام(قدس سره) تقاضای آزادی هادی را کرد و امام(قدس سره) دراین باره از وزارت اطلاعات نظرخواهی کردند. وزیر اطلاعات در نامه ای خدمت امام(قدس سره) پیشنهاد عفو مشروط هادی هاشمی را داد و هادی نهایتا با پذیرش شروط وزارت، که ازجمله آنها عدم دخالت در امور جاری و سیاسی دفتر آیت الله منتظری بود، به قم بازگشت.1

مراحل تکمیل پرونده سیدمهدی هاشمی نیز سپری و در تاریخ نوزده تیرماه 1366، محاکمه وی در دادگاه ویژه روحانیت آغاز شد. کیفرخواست مهدی هاشمی هشت بند داشت که عبارت بود از «سازمان دهی و رهبری گروه های متعدد ترور و آدم ربایی؛ ایجاد درگیری میان سپاه لنجان سفلی و کمیته انقلاب اسلامی منطقه که منجر به کشته و زخمی شدن ده ها نفر گردید؛ خارج کردن بیش از 280 قبضه سلاح و مهمات و بسیاری از اموال سپاه و اختفای آنها؛ ایجاد شبکه نفوذ در ارگان ها و سرقت اسناد آنها؛ تلاش برای تضعیف رهبری انقلاب و قائم مقام رهبری و ایجاد اختلاف بین مسئولین؛ ایجاد سوءظن و بدبینی نسبت به مسئولین نظام به وسیله نشر اکاذیب در قالب شب نامه و اعلامیه؛ اقدام علیه سیاست خارجی جمهوری اسلامی که منجر به اختلال در مناسبات خارجی کشور شده و صدها نفر براثر درگیری های نظامی کشته شده اند.»2

مهدی هاشمی در دادگاه ضمن اعتراف به این جرائم گفت: «مطالب مذکور در کیفرخواست، حداقل جرائم من است و من جرائم بیشتری مرتکب شده ام.» پس از بررسی اتهامات، علی رازینی حاکم شرع دادگاه ویژه روحانیت، مهدی هاشمی را به استناد فتاوای فقها درمورد حد محارب و مفسد، به اعدام محکوم کرد.3

آیت الله منتظری هنگامی که از حکم اعدام مطلع شد، یادداشتی خدمت امام(قدس سره) ارسال کرد تا موافقت ایشان را برای توقف حکم اعدام جلب نماید. استدلال های ایشان در این نوشته برای اعدام نشدن سیدمهدی، قابل توجه و تامل است: «سیدمهدی هرچه بود و هرچه شد، بالاخره 20 سال سنگ اسلام و انقلاب و امام را به سینه زد؛ او از خیلی از کسانی که مورد عفو امام قرار گرفته اند بدتر نیست و مادر پیر او و زن و فرزندان خردسال او مورد ترحمند و خانواده و بیت آنان مورد احترام است؛ او نه مرتد است و نه محارب و نه مفسد و بالاخره به اسلام و انقلاب، اعتقاد کامل دارد؛ هرچند در سلیقه، خطاکار باشد و هست؛ او هنوز طرفداران زیادی از حزب اللهی ها و جبهه بروها و افراد انقلابی دارد و اعدام او در روح آنان اثر بد باقی می گذارد...»4 حاج احمد خمینی در رنج نامه خود خطاب به آیت الله منتظری، از ایشان سوال کرد که آیا مهدی هاشمی با وجود همکاری با ساواک، ارتکاب چندین فقره قتل، اختفای اسناد و مهمات مربوط به نظام و ده ها مسئله دیگر، مفسد نبود؟ آیا به دلیل اینکه اعدام مهدی هاشمی اثر بدی در روح طرفدارانش باقی می گذارد، از نظر اسلامی نباید اعدام شود؟5 آقای مشکینی روایت می کنند: «قبل از آنکه مهدی هاشمی اعدام بشود، چندین بار پیش او (آیت الله منتظری) رفتم و گفتم آقا! آخر این کیست؟ چرا این همه از این شخص تعریف می کنی؟ چرا این همه دنبال او هستی؟ جنایت های او را می خوانی و می بینی که چه گفته است؟ در افغانستان چه کرده است؟ هرچه گفتم، گفت: «من به مهدی هاشمی ایمان دارم.» من هم ناچار بلند شدم و رفتم. من آنجا رفته بودم و دل برده بودم که دل پیدا کنم، ایشان این را گفت. در این مدت در قبضه دیگران بود... یک عده معدودی می دانستند که آخرش چه چیز است. اگر ادامه پیدا می کرد، رئیس جمهوری ما مهدی هاشمی بود و خود او را (آیت الله منتظری را) هم بعد از اینکه به هدف می رسیدند، نابود می کرد.»6 با اعدام سیدمهدی هاشمی، خطر بسیار بزرگی از سر نظام و البته شخص آیت الله منتظری دفع شد. این اعدام اما نتوانست ریشه سازمان نفوذی که به واسطه سیدمهدی هاشمی در بیت آیت الله منتظری ایجاد شده بود را بخشکاند. به واسطه فعالیت این سازمان نفوذ، حمایت های آیت الله منتظری از معاندین نظام از جمله منافقین و بدگویی های علنی و عمومی او علیه نظام و انقلاب ادامه یافت. می توان گفت تابستان 1367 اوج حمایت های آیت الله منتظری از منافقین، و زمستان 1367 نیز اوج بدگویی های وی علیه انقلاب و نظام اسلامی است که به همه امیدها برای حفظ آیت الله منتظری پایان می دهد.