انگشت نگاری DNA بر مبنای توالی های تکرار شونده ژنومی درگونه های لاکتوباسیل های بومی ایران با استفاده از، TGT)5-REP-PCR)

استفاده از لاکتوباسیل ها به عنوان پروبیوتیک ها، نیازمند به کارگیری روش های دقیق و قابل اطمینان جهت شناسایی باکتری ها در سطح سوش می باشد، زیرا بسیاری از خصوصیات پروبیوتیکی وابسته به سوش می باشد. انگشت نگاری DNA بر اساس توالی های تکراری ژنومی با روش REP-PCR به عنوان یک روش تایپینگ قدرتمند، جهت تعیین روابط فیلوژنیک و تاکسونومی باکتری ها مطرح می باشد. هدف از این مطالعه، ارزیابی و شناسایی تنوع ژنتیک سوش های لاکتوباسیل های جدا شده از منابع مختلف لبنی و غذایی سنتی در ایران می باشد.
ابتدا 20 سوش از محصولات لبنی سنتی از قبیل ماست، پنیر، ترخینه و دوغ ترخینه جداسازی و خالص سازی شدند. واکنش PCR جهت شناسایی ایزوله ها با استفاده از پرایمرهای دجنریت انجام گرفت و محصولات PCR پس از خالص سازی، توالی سنجی شدند. انگشت نگاری DNA با پرایمر GTG)5) جهت ژنوتایپینگ ایزوله ها انجام شد.
ایزوله های شناسایی شده تحت عنوان لاکتوباسیلوس کازئی، برویس، پلانتاروم و انتروکوکوس فاسیوم در GenBank ثبت شدند. در پروفایل REP-PCR 20 ایزوله مورد مطالعه، الگوی باندینگ متفاوتی دیده شد. روش گروه بندی UPGMA با استفاده از نرم افزار NTSYS بر روی داده های مولکولی انجام گرفت که با آنالیز PCO نیز تایید گردید. در دندروگرام حاصله سه کلاستر اصلی شکل گرفت.
روش REP-PCR یک روش کاربردی و بسیار حساس در تمایز ایزوله های مورد مطالعه می باشد که با نتایج حاصل از توالی یابی مطابقت کامل دارد. امید است بتوان با تهیه پروفایل های به دست آمده، یک بانک اطلاعاتی دقیق تهیه نمود که جهت غربالگری اولیه و در نهایت تایپینگ باکتری های جدا شده با صرف هزینه کمتر و با سرعت بیشتر به اجرا در آید.