طراحی روشی جدید مبتنی بر ARMS PCR برای تشخیص ژنوتیپ پلی مورفیسم C/T 1562- در پروموتور ژن MMP-9

کلاژناز نوع-4 (MMP-9) یکی از مهم ترین ژن هایی است که به علت هضم کلاژن می تواند در جدایی سلول ها از بافت پایه و بدخیمی آنها نقش داشته باشد و به همین علت به عنوان یک تومور مارکر برای چنیدن سرطان مهم معرفی شده است. وجود پلی مرفیسم تک نکلئوتیدی T/C در ناحیه 1562- پروموتوری این ژن، باعث افزایش بیان این ژن در سطح رونویسی ازطریق کاهش اتصال پروتئین های مهار کننده رونویسی در افراد واجد آلل T می گردد. با توجه به اهمیت این پلی مورفیسم، هدف تحقیق حاضر طراحی روشی برای تعیین ژنوتیپ افراد در این پلی مورفیسم، بدون استفاده از PCR-RFLP است.
با استفاده از سایت اطلاعات ژنی EPD توالی دو طرف منطقه موردنظر دریافت و نرم افزار PRIMER1 جهت طراحی چهار جفت پرایمر اختصاصی آلل برای دو طرف منطقه موردنظر استفاده شد. با انجام PCR های مختلف، دو جفت پرایمر بهتر انتخاب و PCR ARMS برای آنها بهینه سازی شد. برای تایید نتایج PCR از تعیین توالی (Sequencing) استفاده شد.
با استفاده از پرایمرهای طراحی شده، محصول PCR دارای طول 205 نوکلئوتید، نشانگر وجود آلل C و محصول دارای طول 253 نوکلئوتید، نشانگر وجود آلل T بود.
با استفاده از این تکنیک بدون نیاز به هضم آنزیمی RFLP و با سرعت و دقت بالا می توان ژنوتیپ افراد را با یک PCR اختصاصی ARMS مشخص کرد.