تعیین مشخصات مولکولی و تبارزایی ویروئید لکه زردی-1 مو (Grapevine yellow speckle viroid-1) از تاکستان های شمال غرب کشور

به منظور تعیین مشخصات مولکولی و بررسی ساختارهای ثانویه ویروئید لکه زردی- 1 مو، 137 نمونه از تاکستان های استان های اردبیل، آذربایجان شرقی و آذربایجان غربی جمع آوری گردید. اسید نوکلئیک کل از بافت برگ نمونه ها استخراج و پس از ساخت دی ان ای مکمل با استفاده از آغازگر شش نوکلئوتیدی تصادفی، طول کامل این ویروئید با روش پی سی آر و با استفاده از آغازگرهای اختصاصی ویروئید لکه زردی -1 مو، تکثیر شد. محصول پی سی آر پس از همسانه سازی در حامل pGEMT-easy، تعیین توالی گردید. نتایج نشان داد که واریانت های شناسایی شده در این تحقیق، دارای 367 یا 368 نوکلئوتید هستند و در مجموع هفت واریانت جدید از این ویروئید تشخیص داده شد. درخت تبارزایی نشان داد که واریانت 6 مشابه اعضای تیپ یک این ویروئید و شش واریانت بعدی در کنار تعدادی جدایه و واریانت دیگر تشکیل یک تیپ جداگانه (به نام پیشنهادی تیپ 4) را می دهند. در ساختار ثانویه واریانت های به دست آمده در این تحقیق، بیشترین تفاوت در منطقه متغیر و قسمت انتهایی چپ قرار داشت. ویروئید لکه زردی-1 مو برای اولین بار از استان های آذربایجان شرقی و اردبیل گزارش می شود.