بهینه سازی روش فنول کلروفرم سیلیکا برای استخراج DNA از نمونه استخوان های قدیمی

استخراج DNA از نمونه استخوان های قدیمی همواره با مشکلات زیادی همراه است. روش فنول کلروفرم سیلیکا یکی از روش هائی است که به طور معمول برای این منظور استفاده می شود. در این مطالعه هدف بررسی و بهینه سازی مراحل این روش است.
DNA 62 نمونه استخوان (دارای عمر 3 تا 11 سال) ابتدا با روش فنول کلروفرم معمولی و سپس با تغییر بعضی پارامترها استخراج شد. DNA حاصل در هشت منطقه STR به نام های CD4، vWA، LPL، D5S818، D16S539، D13S317، F13، FES توسط واکنش PCR تکثیر شد و نتایج حاصل برروی ژل اکریلامید مقایسه شد.
میانگین بازدهی واکنش PCR، برای روش جدید و روش معمولی در هشت منطقه پلی مورفیک ذکر شده به ترتیب 75%، 78%، 81%، 76%، 85%، 71%، 89%، 86%و 64%، 39%، 70%، 49%، 68%، 76%، 71%،28% بود.متوسط میزان DNA حاصل از روش بهینه شده (در غلظت μl35 ذرات سیلیکا) و معمولی به ترتیب برابر μg/ml 5/267 با خلوص 12/1 و μg/ml 76/192 با خلوص 84/0 بود.
طبق یافته های این مطالعه به نظر می رسد تیمار طولانی تر با EDTA یکی از عوامل موثر حذف بهتر کلسیم باشد و همچنین غلظت مناسب ذرات محلول سیلیکا می تواند تاثیر مهمی در حذف مهار کننده های PCR داشته باشد.