جداسازی و بررسی توالی ژن هماگلوتینین ویروس انفلوانزای A/H1N1 عامل پاندمی 2009 (جدایه ی ایران)

ویروس انفلوانزا پاتوژن تنفسی مهمی است که سالانه منجر به درصد بالایی از بیماری و مرگ ومیر می شود. ویروس جدید A/H1N1 (Novel) که در سال 2009 جمعیت زیادی از مردم جهان را درگیر کرد، از بازآرایی ژنوم سه نوع ویروس انفلوانزای انسانی، خوکی و پرندگان به وجود آمده است. با توجه به نقش مهم هماگلوتینین (HA) در عفونت زایی ویروس انفلوانزا، تعیین توالی ژنوم این پروتئین و بررسی تغییرات آن ضروری به نظر می رسد. در این مطالعه ژن HA ویروس A/H1N1 Novel جدایه ی ایران جداسازی و بررسی گردید.
در این مطالعه آزمایشگاهی، ژنوم ویروس از نمونه های مستقیم بیمار مبتلا به انفلوانزای Novel AH1N1 که با روش Real-timePCR و بر پایه پروتکل بین المللی در آزمایشگاه تحقیقات انفلوانزای انستیتو پاستور به تایید رسیده بودند، استخراج شد و طول کامل ژنوم HA با استفاده از پرایمرهای اختصاصی به روش One step-RT-PCR تکثیر یافت. ژنوم تکثیر یافته بعد از کلونینگ در ناقل pGEM-T Easy، با آنالیز آنزیمی و تعیین توالی تایید گردید.
طول کامل ژن بیان کننده پروتئین HA به کمک PCR از نمونه های بیمار جدا شد و پس از الکتروفورز و مشاهده قطعه مورد انتظار 1777 جفت بازی، استخراج از ژل صورت گرفته و سپس در ناقل pGEM-T Easy کلون و تعیین ترادف شد. توالی حاصله با استفاده از نرم افزار chromas ویرایش 45/1 مورد بررسی قرار گرفت و نهایتا با کد دستیابی «1/419001 HQ»در بانک ژنی ثبت گردید.
نتایج آنالیز نوکلئوتیدی نشان داد که توالی فوق با تمام سکانس های گزارش شده از سراسر دنیا از جمله سویه توصیه شده برای واکسن مطابقت دارد.