تعیین توالی وآنالیز فیلوژنی ژن NS دو جدایه ی آنفلوانزای 2N9H و بررسی خصوصیات رشد این ویروس ها بر روی سلول های 549A

ویروس آنفلوانزای پرندگان تحت تیپ 2N9H در طول دو دهه ی گذشته در آسیا به صورت پانزوتیک در آمده است. این ویروس، علاوه بر ایجاد بیماری در طیور پرورشی، چندین مورد ابتلای انسانی در آسیا را سبب شده است. این مطالعه به منظور بررسی ارتباط فیلوژنی ژن غیر ساختمانی (NS یا Non structural) و خصوصیات رشدشان بر روی سلول های 549A در جدایه هایی در استان تهران انجام شد.
از میان ویروس های ایزوله شده در سال های 91-1388 ویروس آنفلوانزای 2N9H، دو ویروس که در درخت فیلوژنتیک جایگاه های متفاوتی با هم داشتند، انتخاب شدند و ژن NS طی واکنش RT-PCR (Reverse transcription polymerase chain reaction) تکثیر شد. قطعه ی مورد نظر هر جدایه، کلون گردید و پلاسمیدهای حاصل توالی یابی شدند. بروز تغییرات احتمالی در توالی ژن NS جدایه های مورد نظر با مقایسه با جدایه های ثبت شده در پایگاه داده GenBank ارزیابی شد. بر اساس نتایج، رشد این دو جدایه در سلول های 549A بررسی شد.
پردازش اولیه ی داده های فیلوژنی نشان می دهد که ژن NS ویروس های ایران با همسانی 4/96 درصد به زیر دودمان 439Y و آلل A تعلق دارند. این ویروس ها بر اساس زمان جداسازی در دو زیر گروه قرار می گیرند: زیر گروه یک شامل ویروس های جدا شده از طیور پرورشی طی سال های 2004-1998 و زیر گروه دوم ویروس های جدا شده طی سال های 11-2006 بودند. ارزش s3GC و مقایسه ی میزان جایگزینی Ka/Ks در نواحی رمز دهنده ی ژن بررسی شد. ارزش s3GC بین 392/0-371/0 متغیر بود و میزان Ka/Ks، برای زیر گروه اول 38/0 و برای زیر گروه دوم 42/0 محاسبه شد.
پردازش توالی اسید آمینه ی NS نشان می دهد که این دو ایزوله، دارای توالی KSLR در محل دمین PDZ خود هستند و چندین تغییر همزمان در طول توالی اسید آمینه رخ داده است. عیار دو ویروس به روش ارزیابی پلاک برآورد شد که تفاوت معنی داری با هم نداشتند. این داده ها نشان می دهد که دو ویروس 2N9H جدید ایران دچار تغییرات بسیار اندکی شده اند.