طراحی، بهینه سازی و ساخت سازه ژنی کدکننده پروتئین اصلی میلین متصل به قسمت ایمونوژن توکسین کلرا

مالتیپل اسکلروزیس یک بیماری خودایمن التهابی مزمن است. تزریق مخاطی پروتئین اصلی میلین متصل به قسمت ایمونوژن توکسین کلرا می تواند شدت پاسخ ایمنی در بیماران مالتیپل اسکلروزیس را کاهش دهد. برای تولید این پروتئین نوترکیب در مقیاس انبوه، انتخاب میزبان بیانی مناسب، نوع ترکیب بندی شاخص های پروتئینی، ساختار فضایی دو پروتئین در حالت متصل شده، بهینه کردن توالی نوکلئوتیدی از لحاظ سازگار بودن کدون های خوانش(CAI) و محتوایGC، بسیار حائز اهمیت می باشد.
در این مطالعه با استفاده از نرم افزارهای D NA2،PSIPRED و ProtParam بهترین حالت ممکن برای تولید پروتئین نوترکیب مورد ارزیابی قرار گرفت. علاوه براین، خوانش صحیح پروتئین اصلی میلین متصل به قسمت ایمونوژن توکسین کلرا نیز مورد توجه قرار گرفت. پس از حصول اطمینان ازکارآمدی قطعه کدکننده به روش نرم افزاری، قطعه کدکننده برای سنتز سفارش داده شد. به منظور ارزیابی قطعه طراحی شده آزمون تکثیرژنی با استفاده از پرایمرهایT7 انجام گرفت. درنهایت قطعه طراحی شده درمحل کلونینگ وکتور بیانی pET28 جای گرفت.
بعداز بهینه سازی قطعه کدکننده مهندسی شده، میزان CAI از 64 درصد به 80درصد و محتوای GCاز 41درصد به 49 درصد ارتقا پیدا کرد. حضور باند حدود 700bp در الگوی الکتروفورز حاصل از بررسی وکتور نو ترکیب ساخته شده به روش تکثیرژنی، نشان دهنده کلونینگ صحیح قطعه مورد نظر درمحل کلونینگ وکتور بیانی pET28 می باشد.
مطالعات نرم افزاری و آزمایشگاهی نشان می دهد قطعه طراحی شده احتمالا در بهترین حالت ممکن قادر به کدکردن پروتئین نوترکیب مربوطه است.