کاربرد روش RE-SNPs در مطالعه های فیلوژنی باسیلوس آنتراسیس در ایران

علی رغم این که امروزه SNP ژنوتایپینگ به عنوان روش استاندارد در مطالعه های تکاملی و همه گیرشناسی آنتراکس مطرح است، اما به دلیل نیاز به تعیین توالی در این روش، امکان اجرای آن در آزمایشگاه هایی که با محدودیت بودجه مواجه هستند، وجود ندارد.
مطالعه به منظور بررسی امکان استفاده از آنزیم های محدودکننده در اجرای سیستم SNP ژنوتایپینگ ون ارت(Van Ert) انجام شد.
این مطالعه کاربردی در سال 1393 در آزمایشگاه تحقیق و توسعه بخش واکسن های هوازی دام پزشکی موسسه رازی کرج انجام شد. به منظور شناسایی آنزیم های محدودکننده مناسب جهت هضم لوکوس های SNP، قطعه های مربوطه بر روی ژنوم سویه 34F2 باسیلوس آنتراسیس بررسی شدند. صحت نتایج با استفاده از تعیین توالی محصولات PCR تایید شد.
از میان 13 لوکوس بررسی شده، 3 لوکوس به واسطه نوع SNP خود، توسط آنزیم های محدودکننده قابل افتراق بودند. قطعه 560 جفت بازی مربوط به لوکوس A.Br004 در سویه استاندارد و جدایه حاد تحت تاثیر آنزیم BsmI قرار داده شد که دو قطعه با اندازه های 336 و 224 جفت باز حاصل شد. در بررسی امکان اجرای روش، سویه استاندارد به واسطه نوع SNP خود توسط آنزیم شکسته شد.
با توجه به یافته ها به نظر می رسد پس از تکمیل فرآیند تحقیق، RE-SNP تایپینگ روشی ساده و مناسب جهت اجرای سیستم ژنوتایپینگ ون ارت باشد و نیاز به انجام روش پرهزینه تعیین توالی مرتفع شود.