بررسی کموانفورماتیکی و اندازه گیری فعالیت آزمایشگاهی لیگاندهای ممانعت کننده آنزیم سیکلواکسیژناز دو Cox2 انسانی

مهار کننده های انتخابی آنزیم سیکلو اکسیژناز دو، نظیر سلوکو کسیب، روفوکوکسیب و والدوکسیب اخیرا به عنوان کاهنده های پاسخ های التهابی به کار می روند، با وجود این هنوز به مطالعات و تحقیقات بیشتری در زمینه مهار کننده های انتخابی Cox2 نیاز است. این مطالعه در راستای معرفی ساختار های جدید با میل تر کیبی بیشتر به آنزیم Cox2 می باشد.
سا ختار های شیمیا یی با 80 درصد شباهت به سلو کو کسیب، از Pubchem در پایگاه اطلاعا تی NCBI استخراج و جمع آوری شد. فایل PDB آنزیم (Cox2 (6COX را در حا لت پیوند با لیگا ند SC-558 به عنوان لیگاند مرجع، از سایت RCSB PDB به دست آمد. د اکینگ لیگا ند ها به جایگاه اتصال SC-558 را با استفاده از نرم افزار FlexX، Lead IT اجرا شد و انرژی میان کنش های بین ترکیبات مختلف به دست آمد. مقدار IC50 ترکیبات مورد نظر با استفاده از روش غربالگری آزمایشگاهی، بر علیه آنزیم Cox2 تعیین شد. سرانجام با استفاده از روش سنجش MTT، میزان سمیت سلولی ترکیبات مورد نظر تعیین شد.
یافته های پژوهش: نتیجه غربالگری در پایگاه داده Pubchem، 5000 مولکول مشابه سلوکوکسیب بود. 24 تا از ترکیبات امتیاز های انرژی بهتری نسبت به 6COX باند شده با SC-558 داشتند. لیگاند ها به پاکت پیو ند ی داک شد ند که با سرین 353، آلانین 527، وا لین 523، متیونین 522، فنیل آلانین 518 و لوسین 352 میان کنش نشان دادند. با بررسی چشمی، ترکیبات جهت گیری و حالت پیوندی مشابه با SC-558 نشان داد ند.
یافته های ما، رویه محاسباتی کشف ترکیبات جدید ضدالتهابی با فعالیت بیشتر و سمیت کمتر نسبت به مهارکننده های عمومی Cox2 را قوت بخشید.