طراحی پرایمرهای اختصاصی برای مطالعه تنوع تک نوکلئوتیدی (SNP) در ژن ها و تعیین عملکرد آنها

اطلاعات زیادی در مورد توالی بسیاری از ژن ها بدون آنکه عملکرد این توالی ها شناخته شده باشد، وجود دارد. از این رو تحقیقات فراوانی از طریق روش های ژنتیکی معکوس برای پر کردن شکاف بین ساختار و عملکرد این توالی ها انجام گرفته است. بدین منظور آزمایشی با هدف چگونگی طراحی پرایمرهای اختصاصی ژن، که بتوانند تنوع تک نوکلئوتیدی و تاثیر آن بر عملکرد ژن را تعیین نمایند، در مرکز بین المللی تحقیقات کشاورزی در مناطق خشک (ICARDA) انجام گرفته است. ژن های مورد بررسی در این آزمایش دو ژن متحمل به تنش شوری در جو، CBL4 و HvHKT1، بوده است و هشت جفت پرایمر برای این دو ژن طراحی گردید. کارآیی پرایمرها برای تکثیر منطقه مورد نظر و نشان دادن تنوع تک نوکلئوتیدی از طریق واکنش زنجیره ای پلیمراز1 و توالی یابی قطعات تکثیری مورد ارزیابی قرار گرفت. همه پرایمرهای طراحی شده دارای قابلیت بالایی از نظر تکثیر قطعات ژنومی مربوط و تعیین تنوع تک نوکلئوتیدی بودند. این پرایمرها اختصاصی بوده و از مناطق کدکننده ژن طراحی شدند. لذا به کمک آنها می توان نقش تنوع نوکلئوتیدی موجود بین ژنوتیپ های مختلف در تغییر عملکرد ژن را مورد مطالعه قرار داد. همچنین انتخاب به کمک این مارکرهای اختصاصی دارای کارآیی بیشتری نسبت به انتخاب بر اساس مارکرهای پیوسته با ژن می باشد.