مطالعه تنوع ژنتیکی باکتری های Escherichia coli جداسازی شده از نمونه های عفونت اداری با استفاده از RAPD-PCR

راه های تشخیص باکتری E. coli، کشت، روش های سرولوژی و ملکولی می باشد. در روش مولکولی با استفاده از پرایمرهای کوچک تصادفی، اقدام به تولید محصولات PCR می گردد. هدف از مطالعه حاضر، بررسی تنوع ژنتیکی در باکتری های اشریشیاکلی می باشد. هم چنین با استفاده از دو سویه شایع EnteroPathogenic E. coli (St.1) و EnteroHaemorrhagic E. coli (St.2)، میزان قرابت باکتری های جداسازی شده با این دو سویه نیز مطالعه می گردد.
در مطالعه ی تجربی حاضر 50 نمونه باکتری اشرسیاکلی جدا شده از نمونه های ادراری با آزمایشات بیوشیمیایی تعیین هویت مجدد شدند. سپس استخراج DNA با استفاده از کیت انجام شد و محصولات حاصل از PCR پس از الکتروفورز ارزیابی شدند. ماتریس یک/صفر باندها در Excel وارد و سپس با کمک برنامه های NTSYSPC2.02 و MVSP 3.2 مورد بررسی قرار گرفتند.
در مجموع از 8 پرایمر، 129 باند تولید شد. بیش ترین تعداد باند تولیدی، مربوط به پرایمر 2 با 24 باند می باشد. 42 باند پلی مورف، 10 باند مشترک در تمام پرایمرها و 22 باند اختصاصی ویژه هر یک از پرایمرها به دست آمد. بزرگ ترین باند به اندازه Kb 3/7 مربوط به پرایمر یک و کوچک ترین باند به اندازه Kp 80 مربوط به پرایمرهای 7 و 8 می باشد. براساس الگوی دندروگرام UPGMA و الگوی رسته بندی سه بعدی PCoA، ایزوله های 33، 47، 48 و 50 قرابت ژنتیکی نسبی با دو سویه استاندارد St.1 و St.2 از خود نشان دادند.
استنتاج: ایزوله ها با ترسیم رسته بندی سه بعدی PCoA، تنوع ژنتیکی بالایی را از خود نشان دادند که بیانگر وجود تنوع مراکز آلودگی در انتشار باکتری های مورد نظر می باشد. انگشت نگاری ایزوله ها با این روش، قدرت تکرارپذیری بالایی را نشان داد و این می تواند درجه بالایی از اطمینان و صحت را در مورد این تکنیک نشان دهد.