توانایی اولیگونوکلئوتیدهای ضد ژن RpoD در باکتری استافیلوکوک اورئوس در مهار ژن های انسانی: یک مطالعه بیوانفورماتیک

یکی از روش های جدید کنترل عفونت های میکروبی استفاده از اولیگونوکلئوتیدهای آنتی سنس (مکمل) برای مهار ژن های ضروری است . هدف این مطالعه بررسی 4 توالی مکمل علیه ژن rpoD استافیلوکوکوس اورئوس و پی بردن به تطابق احتمالی در ژن های انسانی بود.
نخست به بانک اطلاعاتی مرکز ملی اطلاعات بیوتکنولوژی (NCBI) مراجعه و ژن rpoD در استافیلوکوکوک اورئوس از آن استخراج و سپس توالی mRNA آن تولید گردید. سپس با توجه به ساختار ثانویه توالی mRNA و بر طبق معیار های ترمودینامیک 4 توالی مکمل mRNA انتخاب گردید. در نهایت تطابق توالی های مکمل انتخابی به صورت تک تک با تمامی ژن های انسانی با الگوریتم BlastN مورد بررسی قرار گرفت.
این تحقیق نشان داد که از نظر ساختار ثانویه و پارامتر های ترمودینامیک توالی مکمل شماره یک، GAAGAAGTTGGTA ، بهترین آنتی سنس بود و پایین ترین Overall ∆G را داشت. تطابق توالی های مکمل نشان داد که آنتی سنس شماره های 1 و 2 و 4 اهداف زیادی در سطح mRNA های انسانی داشته، اما آنتی سنس شماره 3 با توالی GAAGCAATTAATT بسیار ایده آل بوده و تنها می تواند ژن rpoD را هدف قرار دهد.
با در نظر گرفتن ساختار ثانویه و پارامتر های ترمودینامیک می توان توالی های آنتی سنس مناسب برای ژن هدف انتخاب کرد، ولی اکثر این آنتی سنس ها می توانند اهداف دیگری نیز در سطح سلول های انسانی داشته باشند.